公司厂房被司法拍卖，确实可以提出异议，但具体能否成功需视异议的理由和证据而定。以下是从不同角度对这一问题的详细分析：
一、提出异议的法律依据
根据《中华人民共和国民事诉讼法》及相关司法解释的规定，在执行过程中，案外人（即非执行案件的当事人）对执行标的（如公司厂房）提出书面异议的，人民法院应当自收到书面异议之日起十五日内审查，理由成立的，裁定中止对该标的的执行；理由不成立的，裁定驳回。案外人、当事人对裁定不服，认为原判决、裁定错误的，依照审判监督程序办理；与原判决、裁定无关的，可以自裁定送达之日起十五日内向人民法院提起诉讼。
二、提出异议的常见理由
- 所有权争议：如果公司认为厂房的所有权存在争议，例如厂房实际属于其他公司或个人所有，或者公司对厂房的购买、继承等存在法律纠纷，可以提出异议。
- 租赁权保护：如果厂房在拍卖前已被合法租赁，且租赁期限未满，根据“买卖不破租赁”的原则，承租人有权继续使用厂房，此时公司（或承租人）可以提出异议，要求保护租赁权。
- 执行程序违法：如果认为执行程序存在违法情形，如未依法送达执行通知、未依法评估拍卖等，也可以提出异议。
三、提出异议的流程
- 准备异议材料：包括异议申请书、相关证据材料（如购房合同、租赁合同、产权证明等）。
- 提交异议申请：将异议材料提交至执行法院，并按照法院的要求缴纳相关费用。
- 等待法院审查：法院将自收到书面异议之日起十五日内进行审查，并作出裁定。
- 处理裁定结果：如果异议成立，法院将中止对厂房的执行；如果异议不成立，法院将驳回异议申请。此时，如果认为原判决、裁定错误，可以依照审判监督程序办理；如果与原判决、裁定无关，可以在裁定送达之日起十五日内向人民法院提起诉讼。
四、提出异议的注意事项
- 及时提出：异议应当在执行程序开始后、拍卖成交前提出，以确保异议的及时性和有效性。
- 证据充分：异议申请应当附有相关证据材料，以证明异议的理由和事实依据。
- 法律程序：遵循法律程序，按照法院的要求进行异议申请和后续处理。
五、可能面临的法律后果
- 异议成立：如果异议成立，法院将中止对厂房的执行，公司可能有机会通过协商、调解或诉讼等方式解决争议，保护自身权益。
- 异议不成立：如果异议不成立，法院将驳回异议申请，并继续执行拍卖程序。此时，公司需要接受拍卖结果，并承担相应的法律后果。
建议：在提出异议前，公司应充分评估异议的理由和证据是否充分、合法，并咨询专业律师的意见，以确保异议的有效性和合法性。如果你有进一步的法律问题或需要更具体的法律建议，可以直接向我咨询，我会根据你的具体情况提供详细的法律分析和建议。