结论：公司以员工辞职为由拒绝支付未休年假工资的做法一般是不合法的。具体是否合法，需结合员工实际工作年限、年假天数及公司规章制度等因素综合判断。以下从不同角度详细分析：

一、年假的法律规定

根据《职工带薪年休假条例》第三条，职工累计工作已满1年不满10年的，年休假5天；已满10年不满20年的，年休假10天；已满20年的，年休假15天。这是国家对年假的基本规定，公司应当遵守。

二、年假的享受条件与辞职的关系

1. 享受条件：员工只要满足累计工作年限的要求，就有权享受年假。年假是员工的法定权利，不受员工是否辞职的影响。
2. 辞职与年假：员工辞职时，如果其在本年度内未休完年假，公司应当按照员工日工资收入的300%支付未休年假工资报酬，其中包含公司支付员工正常工作期间的工资收入。这意味着，即使员工辞职，公司也不能剥夺其未休年假的工资报酬。

三、公司规章制度与年假

1. 公司规章制度：公司可以在不违反国家法律法规的前提下，制定自己的规章制度，包括年假的相关规定。但是，这些规章制度不能剥夺员工的法定权利。
2. 规章制度与法律的冲突：如果公司的规章制度中规定“员工辞职不享受年假”或“员工辞职不支付未休年假工资”，这样的规定是违法的，因为它们与国家的法律法规相冲突。

四、实际操作中的建议

1. 员工方面：

   • 在辞职前，了解自己的年假情况，包括已休天数和未休天数。
   • 如果公司拒绝支付未休年假工资，可以与公司协商解决；协商不成的，可以向劳动监察部门投诉或申请劳动仲裁。

2. 公司方面：

   • 遵守国家法律法规，确保员工的年假权利得到保障。
   • 在制定规章制度时，避免与国家法律法规相冲突。
   • 如果员工辞职，应当按照法律规定支付未休年假工资报酬。

五、可能的法律后果

如果公司以员工辞职为由拒绝支付未休年假工资，员工有权向劳动监察部门投诉或申请劳动仲裁。一旦劳动监察部门或劳动仲裁机构认定公司的行为违法，公司可能需要支付未休年假工资报酬、加付赔偿金等，并可能面临行政处罚。

举例说明：假设员工小张在公司工作满1年，应享受5天年假。但小张在辞职时，还有3天年假未休。根据法律规定，公司应当按照小张日工资收入的300%支付这3天未休年假的工资报酬。如果公司拒绝支付，小张可以向劳动监察部门投诉或申请劳动仲裁来维护自己的权益。

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