公司有劳动纠纷时是可以进行搬迁的，但必须遵循法定程序并妥善处理员工权益问题。以下从多个角度为你详细分析：

一、公司搬迁的合法性基础

1. 经营自主权：公司作为市场主体，享有自主决定经营场所的权利。只要搬迁行为不违反法律法规的强制性规定（如未取得必要许可或违反环保要求），公司有权根据自身经营需要调整办公地点。

2. 劳动合同履行地变更规则：根据《劳动合同法》第三十五条，若搬迁导致劳动合同约定的工作地点发生实质性变化，需与员工协商一致后签订书面变更协议。未经协商的单方变更可能构成违约，员工有权拒绝并要求按原合同履行。

二、搬迁期间的合规操作要点

1. 提前通知与协商义务：

   • 公司应至少提前30日以书面形式告知员工搬迁计划，说明新地址、通勤方案及补偿措施。
   • 通过民主程序听取工会或职工代表意见，对合理诉求应予以考虑。

2. 保障员工选择权：

   • 提供随迁选项时，应确保新工作地点的劳动条件不低于原标准，包括薪资、岗位、福利等核心要素。
   • 对不愿随迁的员工，依法支付经济补偿金（N倍月工资，N为员工在公司的工作年限）并办理离职手续。

3. 特殊群体保护机制：

   • 对孕期、哺乳期女职工或医疗期员工，不得强制调岗或解除合同，需提供合理安置方案。
   • 因搬迁导致合同无法履行的，可协商解除劳动关系并按N+1标准支付补偿金。

三、劳动纠纷处理中的注意事项

1. 争议解决并行原则：

   • 员工可就搬迁争议单独申请劳动仲裁，不影响其他劳动争议的处理进程。
   • 公司应配合仲裁委调查，提供搬迁必要性证明（如租赁合同、政府规划文件）。

2. 证据留存规范：

   • 保存通知送达凭证、协商会议记录、补偿金支付流水等材料。
   • 对员工提出的异议应及时书面回复，避免被认定为恶意拖延。

四、风险防范建议

1. 制定应急预案：预留过渡期办公场地，设置班车或交通补贴缓解通勤压力。
2. 法律风险评估：聘请专业律师审核搬迁方案，预判群体性争议风险点。
3. 信息透明化：通过全员大会、公告栏等方式公示搬迁依据及补偿标准。

五、可能面临的法律后果

如果公司在搬迁过程中未遵循法定程序或未妥善处理员工权益问题，可能面临以下法律后果：

1. 员工拒绝搬迁并要求按原合同履行：若公司未经员工同意擅自变更工作地点，员工有权拒绝并要求按原合同履行。公司若因此对员工进行辞退、降薪等处理，将构成违法解除劳动合同，需支付赔偿金（2N倍月工资）。

2. 员工申请劳动仲裁或提起诉讼：员工可能就搬迁争议申请劳动仲裁或提起诉讼，要求公司支付经济补偿金、赔偿金或继续履行劳动合同等。

3. 行政处罚：如果公司的搬迁行为违反了相关法律法规的强制性规定（如未取得必要许可或违反环保要求），可能面临行政处罚。

总结来说，公司在有劳动纠纷时进行搬迁是可以的，但必须确保搬迁行为的合法性，并妥善处理员工权益问题。如果你或你的公司正面临类似问题，可以直接向我咨询，我会根据你的具体情况提供详细的法律建议。