关于民事诉讼中房屋主体结构不合格的司法鉴定机构选择，目前并没有某一特定的法律文书直接、具体地规定必须选择哪些鉴定机构，但相关法律法规对鉴定机构的选择原则、资质要求等方面有明确规定。以下从不同角度为您详细分析：
一、鉴定机构选择的原则
合法性原则：选择的鉴定机构必须是在司法行政机关登记备案，具备相应鉴定资质的合法机构。这是确保鉴定结果具有法律效力的基础。
专业性原则：鉴于房屋主体结构不合格的鉴定涉及建筑学、结构力学等专业领域，应选择具有相关专业资质和丰富经验的鉴定机构进行鉴定。
公正性原则：鉴定机构应独立于双方当事人，保持中立地位，确保鉴定结果的客观公正。
二、鉴定机构资质要求
根据《全国人民代表大会常务委员会关于司法鉴定管理问题的决定》等相关法律法规，司法鉴定机构应当具备以下条件：
明确的业务范围：鉴定机构应在其登记的业务范围内开展鉴定活动，对于房屋主体结构不合格的鉴定，应选择具有建筑工程质量鉴定资质的机构。
合格的鉴定人员：鉴定机构应拥有具备相应专业知识和技能的鉴定人员，这些人员应通过专业培训并取得相应的鉴定资格。
必要的设备和技术：鉴定机构应具备进行鉴定所需的仪器设备和技术手段，以确保鉴定结果的准确性和可靠性。
三、实际操作中的选择流程
当事人协商选择：在民事诉讼中，双方当事人可以协商选择一家具有相应资质的鉴定机构进行鉴定。如果协商不成，可以由法院指定。
法院指定：如果当事人无法就鉴定机构达成一致，或者一方当事人对另一方当事人选择的鉴定机构有异议，法院可以根据案件需要，从符合条件的鉴定机构中指定一家进行鉴定。
查询鉴定机构名录：当事人或法院可以通过司法行政机关的官方网站或相关渠道查询具有相应资质的鉴定机构名录，以便进行选择。
四、注意事项
避免选择无资质机构：选择无资质或资质不符的鉴定机构进行鉴定，可能导致鉴定结果无效，影响案件的审理和判决。
关注鉴定机构的信誉和口碑：在选择鉴定机构时，可以了解其过往的鉴定案例和客户评价，以评估其信誉和口碑。
及时沟通鉴定需求：在选择鉴定机构后，应及时与其沟通鉴定需求、鉴定范围和鉴定标准等事项，确保鉴定工作能够顺利进行。
如果您在民事诉讼中遇到房屋主体结构不合格的问题，并需要选择司法鉴定机构进行鉴定，建议您根据上述原则和要求进行选择，并确保所选机构具备相应的资质和条件。如果您在此过程中遇到任何疑问或需要进一步的法律帮助，请随时向我咨询。