结论：超市销售打折但有瑕疵的生鲜商品是否违法，需根据具体情况判断，主要看超市是否履行了相应的告知义务以及瑕疵是否影响商品的基本使用功能。

详细分析：

1. 超市的告知义务：

   • 根据《消费者权益保护法》的相关规定，经营者向消费者提供有关商品或者服务的质量、性能、用途、有效期限等信息，应当真实、全面，不得作虚假或者引人误解的宣传。
   • 对于打折销售的生鲜商品，如果商品存在瑕疵，超市应当在销售时明确告知消费者，让消费者在充分了解商品情况的基础上做出购买决定。
   • 若超市未履行告知义务：消费者在购买后发现商品存在瑕疵，且该瑕疵影响了商品的基本使用功能或者消费者购买目的，那么超市的行为可能构成欺诈或违约，消费者有权要求退货、换货或者赔偿。

2. 瑕疵是否影响商品基本使用功能：

   • 生鲜商品的瑕疵可能包括外观不完美、部分变质、临近保质期等。
   • 如果瑕疵轻微，如只是外观上的小瑕疵，不影响商品的基本食用价值或安全，且超市已经明确告知消费者，那么超市的销售行为通常不构成违法。
   • 如果瑕疵严重，如商品已经变质、发霉或者存在安全隐患，即使超市打折销售且告知了消费者，也可能因为销售不符合安全标准的商品而违反相关法律法规，如《食品安全法》等。

3. 特殊情况下的法律责任：

   • 如果超市销售的打折生鲜商品存在质量问题，且该问题导致了消费者人身伤害或财产损失，超市除了可能需要承担退货、换货或赔偿的责任外，还可能面临行政处罚，如罚款、吊销营业执照等。
   • 在某些情况下，如果超市明知商品存在严重瑕疵而故意销售，还可能构成犯罪，如销售不符合安全标准的食品罪等。

建议：

• 对于消费者：在购买打折生鲜商品时，应仔细检查商品的质量，询问超市工作人员商品的瑕疵情况，并在购买后保留好购物凭证。如果发现商品存在严重瑕疵或超市未履行告知义务，可以及时与超市协商解决或向相关部门投诉。
• 对于超市：在销售打折生鲜商品时，应确保履行告知义务，明确告知消费者商品的瑕疵情况。同时，应加强对商品的质量管理，避免销售存在严重瑕疵或安全隐患的商品。

后续行动依据：

• 如果消费者与超市之间因打折生鲜商品的质量问题产生纠纷，可以依据《消费者权益保护法》、《食品安全法》等相关法律法规来维护自己的合法权益。
• 在处理此类纠纷时，消费者可以收集相关证据，如购物凭证、商品照片、与超市工作人员的沟通记录等，以便在协商或投诉时提供有力支持。

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