违规收取投标保证金的，应当根据具体情况采取责令退还、行政处罚、民事赔偿及可能的刑事追责等措施进行处理。具体分析如下：

1. 责令退还保证金
   根据《招标投标法实施条例》第二十六条及第六十六条，招标人违规收取投标保证金的，行政监督部门（如发改委、财政部门）有权责令其限期退还。若保证金已超出法定比例（通常不超过项目估算价的2%）或未在合同签订后5日内退还，招标人必须立即返还，并可能面临行政处罚。

2. 行政处罚与信用惩戒
   若违规行为涉及未退还保证金、超比例收取或挪用资金，行政监督部门可依据《招标投标法》第五十一条对招标人处以罚款（如警告、没收违法所得），并记录不良信用信息。情节严重的，可能限制其1年内参与招标活动。

3. 民事赔偿与合同效力
   投标人可依据《民法典》第五百七十七条要求招标人承担违约责任，包括赔偿因违规收取保证金导致的损失（如利息损失、交易机会损失）。若保证金条款因违法而无效，招标人需返还本金及同期银行贷款利息。

4. 刑事追责风险
   若招标人通过违规收取保证金实施诈骗（如虚构项目）、挪用资金（如将保证金用于非招标项目）或受贿（如索取保证金作为中标条件），可能触犯《刑法》第二百二十四条（合同诈骗罪）、第二百七十二条（挪用资金罪）或第三百八十五条（受贿罪），需承担刑事责任。

实务建议：

• 投标人应保留保证金缴纳凭证、招标文件及沟通记录，作为维权证据；
  
• 发现违规后，可先向招标人书面催告退还，同步向行政监督部门投诉；
  
• 若损失较大，可委托律师发起民事诉讼或刑事控告，通过法律程序追偿。
  

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