结论：清单招标项目约定总价合同，同时又约定清单工程量可变更，并不直接违法，但具体是否合法需结合合同条款的具体内容、双方的真实意图以及相关法律法规进行综合判断。

分析说明：

1. 合同自由原则：

   • 在合同法中，合同自由原则是一项基本原则，即当事人有权根据自己的意愿自由约定合同的内容，包括合同的形式、条款、履行方式等。因此，在清单招标项目中，双方约定总价合同的同时，又约定清单工程量可变更，从合同自由原则的角度来看，并不直接违法。

2. 合同条款的明确性与合理性：

   • 尽管合同自由原则允许当事人自由约定合同内容，但合同条款必须明确、合理，且不得违反法律法规的强制性规定。如果合同中关于清单工程量变更的条款表述模糊、存在歧义，或者变更的条件、程序等约定不合理，可能导致合同在履行过程中产生争议。
   • 此外，如果合同中的变更条款实际上是对总价合同的根本性改变，使得合同性质发生了变化（例如，从固定总价合同变为可调总价合同），那么这种变更可能需要双方重新协商并达成一致意见，否则可能构成违约或无效条款。

3. 相关法律法规的考量：

   • 在建设工程领域，相关法律法规对合同的签订、履行、变更等都有明确规定。例如，《中华人民共和国民法典》中关于合同变更的规定，要求合同变更必须基于双方当事人的合意，且不得违反法律法规的强制性规定和公序良俗。
   • 因此，在判断清单招标项目中约定总价合同又约定清单工程量可变更是否合法时，需要仔细审查合同条款是否符合相关法律法规的规定，以及变更条款是否损害了国家、集体或第三人的利益。

4. 实践中的操作建议：

   • 在签订清单招标项目合同时，双方应明确约定总价合同的范围、清单工程量的变更条件、程序以及变更后的价格调整方式等关键条款。
   • 如果合同中确实需要约定清单工程量可变更，建议双方在合同中设置合理的变更机制，如变更申请、审批流程、价格调整公式等，以确保合同变更的合法性和合理性。
   • 在合同履行过程中，如果发生清单工程量的变更，双方应及时沟通并按照合同约定的程序进行处理，避免产生不必要的争议。

后续行动建议：

• 如果您正在面临这样的合同纠纷或需要签订类似的合同，建议您仔细审查合同条款，确保合同内容明确、合理且符合相关法律法规的规定。
• 如果您对合同条款的具体内容或法律效力存在疑问，可以直接向我咨询，我会根据您的具体情况提供专业的法律意见和建议。