总价合同工程量清单价低于成本价，在某些情况下可能不合法。下面我将从法律角度详细解释这一问题。

法律法规依据

根据《招标投标法》第三十三条及《招标投标法实施条例》第五十一条的规定，投标人不得以低于成本的报价竞标，否则评标委员会应当否决其投标。这是为了规范招标投标活动，避免不正当竞争，保证项目质量，维护社会公共利益。

成本价的界定

成本价是指投标人为完成投标项目所需支出的企业个别成本，而非相应行业的社会平均成本。不同投标人的建设资质、施工能力、技术应用大不相同，因此针对同一个项目工程，其付出的成本也会有所差异。

低于成本价的认定标准

在判断投标人是否低于成本价报价时，评标委员会主要从不可竞争费用和经合理证明后的有效竞争费用两个部分综合判断。具体来说，会考虑投标人的报价是否低于其为完成投标项目所需支出的企业个别成本，包括税金、规费、安全文明施工费等不可竞争费用，以及人工工资、材料费、机械使用费等有限竞争费用。

低于成本价投标的法律后果

1. 中标无效：如果投标人确实以低于成本价的报价中标，那么该中标行为可能被视为无效。
2. 合同无效：根据最高人民法院在相关会议纪要及裁判案例中的观点，以低于成本价订立的建设工程施工合同，可能会因违反法律的禁止性规定而被认定为无效。

实际操作中的注意事项

1. 谨慎报价：投标人在报价时，应充分考虑自身的成本情况，避免以低于成本价的报价参与竞标。
2. 保留证据：如果投标人认为自己的报价并未低于成本价，而评标委员会却以低于成本价为由否决其投标，投标人应保留相关证据，以便后续维权。
3. 法律咨询：在招标投标过程中，如果遇到复杂的法律问题，建议投标人及时咨询专业律师，以确保自身的合法权益得到保障。

综上所述，总价合同工程量清单价低于成本价，在某些情况下可能因违反法律法规而被视为不合法。因此，投标人在参与招标投标活动时，应谨慎报价，并充分了解相关法律法规的规定，以确保自身的合法权益。