项目部罚款后公司从员工工资中扣除罚款的行为，一般是不合法的。以下从不同角度为你详细分析：
法律角度
罚款权主体限制：
- 根据我国相关法律规定，只有特定的行政机关或法律授权的组织才具有罚款的权力。项目部作为公司的一个内部部门，并不具备独立的法律人格，也不享有罚款权。因此，项目部对员工进行罚款的行为本身就缺乏法律依据。
工资扣除的合法性：
- 即使员工存在违纪行为，公司也不能随意从员工工资中扣除罚款。根据《工资支付暂行规定》等相关法律法规，用人单位不得克扣或者无故拖欠劳动者的工资。除非因劳动者本人原因给用人单位造成经济损失，且用人单位按照劳动合同的约定要求其赔偿经济损失，或者经劳动者本人同意，用人单位可以从其工资中扣除赔偿费用。但即便如此，扣除的部分也不得超过劳动者当月工资的20%，且扣除后的剩余工资不得低于当地最低工资标准。
实际操作角度
公司内部规章制度：
- 如果公司内部规章制度中明确规定了罚款事项，并且该规章制度已经经过民主程序制定、公示或告知劳动者，那么公司可能会依据这些规章制度对员工进行罚款。然而，这种罚款仍然受到法律的严格限制，不能随意扩大罚款范围或提高罚款金额。
员工权益保护：
- 员工在面对公司的不合理罚款时，有权拒绝并寻求法律援助。员工可以向当地劳动监察部门投诉，或者通过劳动仲裁、诉讼等法律途径维护自己的合法权益。
建议与措施
审查公司规章制度：
- 员工应仔细审查公司的规章制度，了解其中关于罚款的规定是否合法、合理。如果发现规章制度中存在违法或不合理的内容，可以向公司提出异议或向相关部门投诉。
保留证据：
- 如果员工被公司罚款，应保留好相关证据，如罚款通知、工资条等。这些证据在后续的法律纠纷中可能起到关键作用。
寻求法律援助：
- 如果员工认为公司的罚款行为侵犯了自己的合法权益，可以寻求法律援助或咨询专业律师。律师可以根据具体情况为员工提供法律建议或代理诉讼等法律服务。
总结来说，项目部罚款后公司从员工工资中扣除罚款的行为一般是不合法的。员工在面对这种情况时，应了解自己的法律权益并采取相应的措施来保护自己。如果你还有其他关于劳动工伤（工资福利）方面的问题，可以直接向我咨询。