科员违纪违法案子的调查主体，主要取决于违纪违法的性质以及科员的身份属性，一般由纪检监察机关或相关主管部门负责调查。以下是对这一问题的详细分析：

1. 纪检监察机关的调查权：

   • 如果科员的违纪违法行为涉及职务违法或职务犯罪，那么根据《中华人民共和国监察法》的相关规定，纪检监察机关有权进行调查。纪检监察机关是党内监督和国家监察的专责机关，负责调查公职人员的违纪违法行为，包括贪污贿赂、滥用职权、玩忽职守等。
   • 在调查过程中，纪检监察机关会依法收集证据，查明事实，并根据调查结果作出相应的处理决定，如给予党纪政务处分、移送司法机关等。

2. 相关主管部门的调查权：

   • 如果科员的违纪违法行为不涉及职务违法或职务犯罪，而是属于一般性的违纪行为或违反单位内部规定的行为，那么可能由相关主管部门或单位内部纪检监察机构负责调查。
   • 例如，如果科员违反了单位的考勤制度、工作纪律等，单位的人事部门或纪检监察部门可能会进行调查，并根据调查结果给予相应的处理，如警告、记过、降职等。

3. 特殊情况下的联合调查：

   • 在某些特殊情况下，如科员的违纪违法行为既涉及职务违法又涉及一般性违纪，或者涉及多个部门或领域的管辖权交叉时，可能会由纪检监察机关和相关主管部门联合进行调查。
   • 联合调查可以充分发挥各部门的专业优势，确保调查的全面性和准确性。

在调查过程中，应确保程序的合法性和公正性：

• 调查机关应依法行使调查权，遵守法定程序，保障被调查人的合法权益。
• 被调查人应积极配合调查工作，如实陈述事实，提供相关证据。
• 如果被调查人对调查结果有异议，可以依法提出申诉或复议。

建议：

• 如果您或您身边的人遇到科员违纪违法的问题，建议及时向相关部门或单位反映情况，并配合调查工作。
• 如果您对调查过程或结果有疑问或不满，可以依法寻求法律援助或咨询专业律师，以维护自己的合法权益。

如有任何疑问或需要进一步的法律帮助，请直接向我咨询，我会根据您的具体情况提供详细的法律建议。