在立执行案件时，针对判决书中的两个被告，是可以分开立案执行的。以下从不同角度为你详细分析：
法律依据与执行原则
根据《中华人民共和国民事诉讼法》及相关司法解释，执行程序旨在实现生效法律文书所确定的权利义务。当判决书中涉及多个被告时，每个被告所承担的义务可能是独立的，也可能是相互关联的。然而，在执行阶段，为了保障执行的效率和灵活性，法律允许申请人根据实际情况选择对各个被告分别申请执行。
实际操作中的分开立案执行
独立义务的情况：
- 如果判决书明确区分了各个被告所应承担的独立义务，例如，被告一需支付一定金额，被告二需履行特定行为，那么申请人可以分别就被告一和被告二的义务向法院申请执行。
- 在这种情况下，分开立案执行不仅有助于明确各被告的责任范围，还能提高执行效率，因为法院可以针对每个被告的具体情况采取相应的执行措施。
连带责任的情况：
- 即便被告之间承担的是连带责任，申请人也有权选择对其中一个或多个被告申请执行。这并不意味着其他被告就免除了责任，而是在执行过程中，法院会根据实际情况和申请人的选择来决定执行的对象和方式。
- 如果申请人选择先对其中一个被告申请执行，但该被告无法完全履行义务，申请人仍可以后续对其他被告申请执行，以实现其全部权益。
分开立案执行的优点与注意事项
优点：
- 提高执行效率：分开立案可以使得法院能够更专注于每个被告的具体情况，采取更有针对性的执行措施。
- 保障申请人权益：申请人可以根据实际情况和需要，灵活选择执行的对象和顺序，以更好地保障其权益。
注意事项：
- 在分开立案执行时，申请人需要确保每个执行案件都符合法律规定的立案条件，并提供充分的证据材料。
- 申请人还需要注意执行时效的问题，避免因为超过时效而丧失申请执行的权利。
- 如果在执行过程中遇到任何问题或困难，如被告拒不履行义务、执行财产难以查找等，申请人可以及时向法院寻求帮助和支持。
建议：在实际操作中，如果你打算对判决书中的两个被告分开立案执行，建议先仔细研究判决书的内容，明确各被告的责任范围和义务性质。然后，根据实际情况和需要，选择合适的执行策略和顺序。如果有任何疑问或需要进一步的法律帮助，可以直接向我咨询。