针对买卖房屋协议合同书中甲方不配合乙方办理证件的问题，乙方可以采取以下措施来维护自身权益：

1. 协商沟通：

   • 法律背景：在合同纠纷中，协商是首选的解决方式，因为它成本较低且有助于维护双方关系。
   • 建议：乙方应首先尝试与甲方进行友好协商，明确表达办理证件的紧迫性和重要性，以及甲方不配合可能带来的法律后果。通过沟通，了解甲方不配合的具体原因，并寻求双方都能接受的解决方案。

2. 发送律师函：

   • 法律背景：律师函具有法律上的正式性和严肃性，能够向甲方明确传达乙方的诉求和法律立场。
   • 建议：如果协商无果，乙方可以委托律师向甲方发送律师函，要求甲方在规定时间内配合办理证件，并警告甲方若不履行合同义务将承担的法律责任。

3. 提起诉讼：

   • 法律背景：根据《中华人民共和国民法典》的相关规定，当事人一方不履行合同义务或者履行合同义务不符合约定的，应当承担继续履行、采取补救措施或者赔偿损失等违约责任。
   • 建议：若甲方在收到律师函后仍不配合，乙方可以向人民法院提起诉讼，要求甲方履行合同义务，即配合办理相关证件。在诉讼过程中，乙方需要提供充分的证据证明甲方的不配合行为以及因此造成的损失。
   • 可能后果：如果法院判决甲方败诉，甲方将需要承担继续履行合同的义务，并可能因违约而赔偿乙方的损失。

4. 申请强制执行：

   • 法律背景：在获得法院判决后，如果甲方仍不履行判决义务，乙方可以向法院申请强制执行。
   • 建议：乙方在获得胜诉判决后，应及时向法院申请强制执行，以确保判决得到有效执行。法院将采取一系列措施，如查封、扣押、拍卖等，来强制甲方履行合同义务。

5. 考虑合同中的违约条款：

   • 法律背景：如果买卖房屋协议合同书中明确规定了甲方不配合办理证件的违约责任，乙方可以依据合同条款要求甲方承担违约责任。
   • 建议：乙方应仔细审查合同条款，了解甲方不配合时的违约责任和赔偿方式。如果合同中有明确规定，乙方可以直接依据合同条款要求甲方承担责任。

在处理此类问题时，乙方还需要注意以下几点：

• 保留证据：乙方应妥善保管与房屋买卖相关的所有文件和证据，包括合同、付款凭证、沟通记录等，以备不时之需。
• 及时行动：一旦发现甲方不配合办理证件，乙方应及时采取行动，避免拖延导致损失扩大。
• 寻求专业帮助：如果乙方对法律程序不熟悉或感到困惑，可以寻求专业律师的帮助，以确保自身权益得到有效维护。

若您在处理此类问题时遇到任何疑问或需要进一步的法律帮助，请直接向我咨询。我将根据您的具体情况提供针对性的法律建议和解决方案。