高标准农田项目行政处罚单位通常是县级以上地方人民政府农业农村主管部门，具体可能涉及多个部门，需根据违法情形和职责划分确定。以下是详细分析：

1. 农业农村主管部门的处罚权
   根据《中华人民共和国土地管理法》《基本农田保护条例》及《高标准农田建设质量管理办法（试行）》等规定，农业农村部门是高标准农田建设的主管部门，负责项目规划、实施、验收及质量监管。若项目存在未按规定建设、质量不达标、擅自改变用途等违法行为，农业农村部门有权依据《行政处罚法》及上述法规作出处罚，如责令整改、罚款、没收违法所得等。

2. 其他部门的协同处罚权
   高标准农田项目可能涉及土地、水利、环保等多领域，若违法行为超出农业农村部门职责范围，其他部门可依法介入：

   • 自然资源部门：若项目存在非法占用耕地、破坏土地资源等行为，自然资源部门可依据《土地管理法》处罚，如责令退还土地、限期拆除地上建筑、罚款等。
     
   • 水利部门：若项目涉及水利设施建设违规（如未按规定建设灌溉排水系统），水利部门可依据《水法》《防洪法》处罚。
     
   • 生态环境部门：若项目造成环境污染或生态破坏（如农药化肥超标、土壤污染），生态环境部门可依据《环境保护法》《土壤污染防治法》处罚。
     

3. 综合执法情形
   部分地区实行农业综合行政执法改革，将农业农村、水利、自然资源等部门的部分处罚权集中至农业综合行政执法机构，由其统一行使。此时，处罚单位可能为“XX县农业综合行政执法大队”等机构，但法律主体仍为对应的行政主管部门。

建议：若您或您的单位涉及高标准农田项目，需严格遵守土地、水利、环保等法规，避免因违法被处罚。如已收到处罚通知，可结合具体违法情形，核查处罚主体是否合法、程序是否合规，必要时可申请行政复议或提起行政诉讼。如有进一步疑问，可直接向我咨询。