协议拆迁中房屋评估公司的监管主体及责任分析如下：

1. 主要监管主体：房地产行政主管部门
   根据《国有土地上房屋征收与补偿条例》及《房地产估价机构管理办法》，房屋评估公司需在房地产行政主管部门备案并接受其监管。具体职责包括：

   • 资质审核：核查评估机构是否具备法定资质（如一级、二级、三级资质），确保其符合从事拆迁评估业务的条件。
     
   • 行为监督：对评估机构在拆迁项目中的执业行为进行监督，包括评估程序是否合法、评估方法是否科学、评估结果是否公正等。
     
   • 违规处罚：若评估机构存在违规行为（如与拆迁方串通压低补偿、未实地勘查等），房地产行政主管部门可依法对其警告、罚款、吊销资质等。

2. 其他监管主体及协作机制

   • 财政部门：若评估费用由财政资金支付（如政府主导的拆迁项目），财政部门需对资金使用情况进行审计，防止评估机构通过不正当手段获取利益。
     
   • 审计部门：对拆迁项目的整体财务情况进行审计，包括评估费用的合理性、评估报告的真实性等，间接监督评估机构的行为。
     
   • 纪检监察机关：若评估机构或拆迁方存在贪污、受贿等违法行为，纪检监察机关可介入调查，追究相关责任人的法律责任。
     
   • 行业协会：房地产估价师协会等自律组织可通过制定行业规范、开展培训等方式，引导评估机构规范执业，但无行政处罚权。

3. 被拆迁人的权利与救济途径

   • 质疑评估结果：若被拆迁人认为评估结果不合理，可要求评估机构出具详细说明，或向房地产行政主管部门申请复核。
     
   • 申请重新评估：在拆迁补偿协商阶段，被拆迁人可与拆迁方协商委托其他评估机构重新评估，并以新结果作为补偿依据。
     
   • 行政复议或诉讼：若对评估结果或拆迁补偿决定不服，被拆迁人可依法申请行政复议或提起行政诉讼，要求法院审查评估程序的合法性及结果的公正性。

法律建议：

• 若您作为被拆迁人发现评估机构存在违规行为（如未实地勘查、评估方法错误等），可向当地房地产行政主管部门举报，并保留相关证据（如评估报告、现场照片等）。
  
• 在签订拆迁补偿协议前，务必仔细核对评估报告内容，确保补偿标准符合市场价值。若对评估结果有异议，及时通过法律途径维权。
  

总结：协议拆迁中房屋评估公司的监管以房地产行政主管部门为主，财政、审计、纪检监察等部门协同监督，被拆迁人可通过多种途径维护自身权益。若您遇到具体问题，可直接向我咨询，我将结合案情提供详细法律方案。