结论：在现行法律体系中，“不起诉”和“免于起诉”并不一样，且“免于起诉”制度已被废除，我们主要依据“不起诉”制度来处理相关案件。以下是对这两个概念的详细解释和区别分析：
一、概念解析
不起诉：
- 指检察机关对侦查终结的案件审查后，认为不符合起诉条件（如证据不足、情节轻微等），依法作出不将案件移送法院审判的决定。这是刑事诉讼程序的终止，属于检察机关的裁量权范围。
免于起诉（已废止）：
- 原指检察机关对构成犯罪但无需判处刑罚或可免除刑罚的被告人，决定不提起公诉的制度。该制度因缺乏司法审判程序、可能侵犯被告人权利，已于1996年被《刑事诉讼法》废除。
二、核心区别
合法性现状：
- 不起诉：现行有效，是检察机关处理案件的重要方式之一。
- 免于起诉：已被废除，不再适用。
法律性质与程序正当性：
- 不起诉：遵循无罪推定原则，保障被告人诉讼权利，是程序性决定，非实体定罪。
- 免于起诉（历史制度）：曾兼具程序和实体性质，类似有罪认定，但缺乏公开审判程序，易引发“未经审判即定罪”的争议。
法律后果：
- 不起诉：被不起诉人视为未受刑事追责，无犯罪记录（法定不起诉和存疑不起诉）；若被羁押，应立即释放；可通过申诉或自诉寻求救济。
- 免于起诉（历史后果）：虽不追究刑事责任，但被告人可能被视为“有罪但未罚”，可能影响名誉权和后续权益（如就业、政审），且救济途径有限。
适用条件：
- 不起诉：包括法定不起诉（如无犯罪事实、情节显著轻微等）、酌定不起诉（如犯罪情节轻微，不需判处刑罚或可免除刑罚）和存疑不起诉（如证据不足，不符合起诉条件）。
- 免于起诉（历史制度）：主要适用于犯罪情节轻微，虽有犯罪行为但基于特定情节（如自首、立功）不需判处刑罚或可免除刑罚的情况。
三、实际影响与案例
- 不起诉案例：某企业涉嫌轻微污染环境罪，检察机关综合考量其自首、积极整改等因素，决定不起诉，企业得以继续经营。这体现了不起诉制度在促进司法效率、保障企业合法权益方面的积极作用。
- 免于起诉历史遗留问题：上世纪80年代，部分案件因“免予起诉”导致当事人长期背负“有罪”标签，直至制度废除后才得以纠正。这反映了免于起诉制度在历史上的不足和弊端。
四、建议与总结
- 在处理刑事案件时，应准确理解和适用“不起诉”制度，根据具体法律规定和案件情况，严格遵循不起诉制度的适用条件和程序要求。
- 对于符合不起诉条件的案件，检察机关应依法作出不起诉决定，以保障当事人的合法权益和维护法律的权威性与公正性。
- 鉴于“免于起诉”制度已被废除，现代法律制度下应准确使用“不起诉”表述，避免混淆和误解。
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