不起诉与免于刑事处罚在法律后果、适用阶段、决定主体及适用情形等方面存在显著区别，具体如下：
一、法律后果
不起诉：
- 意味着刑事诉讼程序在审查起诉阶段终止，被不起诉人不会被交付审判，也不会被判定有罪。
- 其法律地位相当于未受过刑事追诉的公民，不会留下犯罪记录（俗称“案底”）。例如，小李涉嫌轻微盗窃，但情节显著轻微、危害不大，不认为是犯罪，检察机关依法作出不起诉决定后，小李就如同没有发生过这件事一样，可以正常生活和工作，不受该事件影响。
免于刑事处罚：
- 是指被告人的行为已经构成犯罪，本应判处刑罚，但由于具有法定从宽处罚情节，如自首、立功、犯罪情节轻微等，法院最终判决免除刑罚处罚。
- 不过，被告人仍然会被认定有罪，会留下犯罪记录。比如，小张因一时冲动参与打架斗殴，致人轻伤，但考虑到他有自首情节且积极赔偿被害人损失，取得谅解，法院最终判决小张犯故意伤害罪，但免于刑事处罚。虽然小张不用坐牢，但他的犯罪记录会一直存在。
二、适用阶段
不起诉：
- 仅适用于刑事诉讼的审查起诉阶段，由人民检察院根据案件事实和法律规定作出决定。
- 当公安机关侦查终结后将案件移送检察院审查起诉时，检察院经审查认为符合不起诉条件的，就会作出不起诉决定。例如，某起诈骗案件中，公安机关经过调查取证后将案件移送检察院，检察院审查后发现证据不足，不符合起诉条件，于是作出不起诉决定。
免于刑事处罚：
- 是在刑事诉讼的审判阶段，由人民法院经过审理后作出的判决结果。
- 只有案件进入法院审判程序，经过法庭调查和辩论等环节，法院才能根据被告人的犯罪事实和量刑情节，决定是否对其免于刑事处罚。比如上述小张的案件，就是经过法院的开庭审理后，法院综合考虑各种因素作出了免于刑事处罚的判决。
三、决定主体
不起诉：
- 由人民检察院决定。检察院在审查案件时，会根据《刑事诉讼法》的相关规定，对是否符合不起诉条件进行严格审查和判断。
- 如果认为案件符合不起诉的情形，检察院将制作不起诉决定书并送达相关当事人和单位。
免于刑事处罚：
- 由人民法院通过判决的方式作出。法院在审理案件过程中，会全面审查案件的事实、证据和法律适用情况，根据被告人的犯罪情节、悔罪表现等因素，依法作出是否免于刑事处罚的判决。
四、适用情形
不起诉：
- 包括法定不起诉、酌定不起诉和证据不足不起诉三种情形。
- 法定不起诉是指犯罪嫌疑人的行为不构成犯罪或者依法不应追究刑事责任；酌定不起诉是指犯罪嫌疑人的行为已构成犯罪，但情节轻微，依照刑法规定不需要判处刑罚或者免除刑罚；证据不足不起诉是指对于补充侦查的案件，人民检察院仍然认为证据不足，不符合起诉条件的。
免于刑事处罚：
- 主要适用于犯罪情节轻微，依照刑法规定不需要判处刑罚或者免除刑罚的情况。
- 具体包括又聋又哑的人或者盲人犯罪、防卫过当、避险过当、犯罪预备、犯罪中止、从犯、胁从犯等情形。
总结来看，不起诉与免于刑事处罚在多个方面存在显著差异。不起诉是检察院在审查起诉阶段作出的程序性决定，意味着案件不进入审判程序，被不起诉人不会被定罪；而免于刑事处罚是法院在审判阶段作出的实体性判决，虽然认定被告人有罪，但基于特定事由免除刑罚。两者在法律后果、适用阶段、决定主体及适用情形等方面均有明确区分。如有任何疑问或需要进一步的法律帮助，请直接向我咨询。