结论：侵害他人土地造成青苗桉树损失，直接套用政府征地拆迁文件赔偿一般是不合法的。以下从多个角度进行详细分析：

一、法律性质差异

1. 政府征地拆迁：政府征地拆迁是基于公共利益的需要，依照法定程序和权限，对集体土地或国有土地上的房屋及其他不动产进行征收，并给予合理补偿的行为。它涉及的是国家与集体或个人之间的土地权属变更，具有行政行为的性质。

2. 侵害他人土地造成损失：这属于民事侵权行为，是行为人因过错侵害他人民事权益，依法应承担侵权责任的行为。它涉及的是平等民事主体之间的财产权益纠纷。

二、赔偿依据不同

1. 政府征地拆迁赔偿：政府征地拆迁的赔偿依据是相关的法律法规和政策文件，如《中华人民共和国土地管理法》、《中华人民共和国土地管理法实施条例》以及地方政府的征地拆迁补偿标准等。这些文件明确了征地拆迁的补偿范围、标准、程序等。

2. 民事侵权赔偿：民事侵权赔偿的依据是《中华人民共和国民法典》中关于侵权责任的规定。根据民法典，侵害他人财产的，财产损失按照损失发生时的市场价格或者其他合理方式计算。这意味着，赔偿应基于实际损失，并考虑市场价格、修复费用等因素。

三、赔偿程序与标准

1. 政府征地拆迁：政府征地拆迁的赔偿程序通常包括发布征地公告、进行土地现状调查、组织听证、拟定征地补偿安置方案、签订补偿协议等步骤。赔偿标准则根据地方政府的征地拆迁补偿标准执行，这些标准通常考虑了土地用途、地理位置、市场价值等因素。

2. 民事侵权赔偿：民事侵权赔偿的程序则相对简单，通常是通过协商、调解、诉讼等方式解决。赔偿标准则基于实际损失，包括青苗桉树的直接损失（如市场价值、种植成本等）和间接损失（如因损失导致的收益减少等）。

四、实际操作中的问题

• 如果直接套用政府征地拆迁文件赔偿，可能会忽视民事侵权赔偿的特殊性，如实际损失的计算、因果关系的认定等。
• 政府征地拆迁文件中的赔偿标准可能并不完全适用于民事侵权赔偿，因为两者的法律性质、赔偿依据和程序等存在差异。
• 直接套用可能导致赔偿金额过高或过低，无法公平合理地解决纠纷。

五、建议

• 在处理侵害他人土地造成青苗桉树损失赔偿的问题时，应首先明确法律性质，区分是政府征地拆迁还是民事侵权行为。
• 如果是民事侵权行为，应依据《中华人民共和国民法典》中关于侵权责任的规定进行赔偿，考虑实际损失、市场价格、修复费用等因素。
• 在协商或诉讼过程中，可以参考政府征地拆迁文件中的赔偿标准作为参考，但不应直接套用。
• 如有需要，可以寻求专业律师的帮助，以确保赔偿的公平合理和合法性。

如有任何疑问或需要进一步的法律帮助，请直接向我咨询。