结论：女儿作为法人犯了事，父亲不能代替其签订公司转让合同。以下从多个角度进行分析：
一、法人身份与合同签订权限
法人身份的独立性：
- 法人，即公司，是一个独立的法律主体，拥有独立的财产和权利，承担独立的责任。法人身份不因个人行为（如犯罪）而转移或丧失其作为法律主体的资格。
- 女儿作为法人（这里可能指的是女儿是公司的法定代表人），其个人行为与公司行为在法律上是分开的。女儿的个人犯罪行为，不影响公司作为独立法律主体的地位和权利。
合同签订权限：
- 合同的签订通常需要由具有相应权限的人进行。在公司中，这通常是由法定代表人或授权代表进行。
- 父亲并非公司的法定代表人，也未获得公司的明确授权，因此他无权代替女儿（作为法定代表人）签订公司转让合同。
二、父亲代替签订合同的法律后果
合同效力问题：
- 如果父亲未经公司授权或违反公司章程、法律规定，擅自代替女儿签订公司转让合同，该合同可能因缺乏合法授权而无效。
- 无效的合同自始不具有法律效力，公司和其他相关方可能因此遭受损失，并有权追究父亲的责任。
法律责任问题：
- 父亲代替女儿签订合同，如果给公司或其他方造成损失，可能需要承担赔偿责任。
- 如果父亲的行为构成犯罪（如伪造公司印章、诈骗等），还可能面临刑事处罚。
三、公司转让的正确流程
内部决策程序：
- 公司转让通常需要经过公司内部的决策程序，如股东会或董事会的决议。
- 决议内容应包括转让的意向、条件、价格等关键条款。
签订转让合同：
- 在获得内部决策通过后，应由公司的法定代表人或授权代表与受让方签订正式的转让合同。
- 合同应明确双方的权利和义务，以及转让的具体条款和条件。
办理变更登记：
- 转让合同签订后，应按照相关法律法规的规定，办理公司变更登记手续，包括股东变更、法定代表人变更等。
四、特殊情况下的处理
女儿丧失行为能力：
- 如果女儿因犯罪或其他原因丧失行为能力，无法履行法定代表人职责，公司应按照法律程序变更法定代表人。
- 在变更法定代表人之前，父亲或其他人员无权擅自代替女儿签订合同。
紧急情况下的代理：
- 在某些紧急情况下，如果无法及时获得法定代表人的授权或变更法定代表人，公司可以考虑通过法律程序指定临时代理人。
- 但这种情况需要严格的法律程序和证据支持，不能随意由个人决定。
建议：如果女儿作为法人犯了事，且公司需要转让，应首先按照法律程序变更法定代表人或获得合法授权，然后再由新的法定代表人或授权代表与受让方签订转让合同。父亲作为个人，无权擅自代替女儿签订合同。如有任何疑问或需要进一步的法律帮助，请直接向我咨询。