抵押合同在抵押物已办理抵押登记且被其他法院查封的情况下，仍然可以申请办理相关手续，但具体能否实现抵押权及办理后续手续，需视查封的具体情况及法律规定而定。以下从不同角度进行分析：

一、抵押合同与抵押登记的效力

1. 抵押合同效力：抵押合同是抵押人与抵押权人之间设立抵押权的协议，只要合同内容合法、双方意思表示真实，且不存在法律规定的无效情形，抵押合同即具有法律效力。
2. 抵押登记效力：抵押登记是抵押权设立的要件，未经登记，抵押权不得对抗善意第三人。在抵押物已办理抵押登记的情况下，抵押权已依法设立，抵押权人享有优先受偿权。

二、抵押物被查封的影响

1. 查封对抵押权的影响：抵押物被查封，并不直接导致抵押权的消灭或无效。查封是法院为保障债权实现而采取的一种强制措施，它限制了抵押物的处分权，但不影响抵押权人依法享有的优先受偿权。
2. 查封后的抵押权实现：在抵押物被查封的情况下，抵押权人仍然可以依法实现抵押权。但需要注意的是，如果查封法院在处置抵押物时，发现抵押权存在且合法有效，应当依法保护抵押权人的优先受偿权。然而，如果查封发生在抵押权设立之前，或者查封法院认为抵押权存在瑕疵（如未办理抵押登记、抵押登记存在错误等），则可能影响抵押权的实现。

三、申请办理相关手续的可能性

1. 申请继续办理抵押相关手续：在抵押物已被查封的情况下，抵押权人仍然可以申请继续办理与抵押权相关的手续，如变更抵押登记、注销抵押登记等。但这些手续的办理可能受到查封的限制，需要与查封法院进行沟通协调。
2. 申请参与分配：如果抵押物被查封后进入执行程序，抵押权人可以向执行法院申请参与分配，主张优先受偿权。执行法院在处置抵押物时，应当依法保护抵押权人的合法权益。

四、法律建议

1. 核实查封情况：在抵押物被查封后，抵押权人应首先核实查封的具体情况，包括查封法院、查封原因、查封时间等，以便更好地了解抵押权的实现前景。
2. 与查封法院沟通：抵押权人应积极与查封法院进行沟通协调，说明抵押权的情况，争取查封法院的支持和配合，以便顺利办理与抵押权相关的手续。
3. 及时主张权利：在抵押物被查封后，抵押权人应及时向查封法院或执行法院主张优先受偿权，避免因拖延时间而损害自身权益。

总结来说，抵押合同在抵押物已办理抵押登记且被其他法院查封的情况下，仍然具有法律效力，抵押权人可以依法申请办理相关手续并主张优先受偿权。但具体能否实现及办理流程可能受到查封情况的影响，因此建议抵押权人及时核实查封情况、与查封法院沟通协调，并及时主张权利。如有任何疑问或需要进一步的法律帮助，请直接向我咨询。