可以要求自然资源局对“以租代征”行为作出书面认定，但需满足法定条件并遵循相应程序。以下从法律依据、认定主体、申请流程及注意事项四个方面展开分析：

1. 法律依据：自然资源局具有认定“以租代征”的法定职责

根据《土地管理法》第七十九条，禁止以“以租代征”等方式非法占用土地。若存在此类行为，自然资源主管部门（原国土资源局）有权依法查处。
《行政处罚法》第三十八条进一步规定，行政机关在调查终结后，对违法行为属实的，应作出行政处罚决定；对需要给予行政处罚的，需制作书面决定书。因此，自然资源局对“以租代征”的认定属于其法定职权范围，且应以书面形式作出。

2. 认定主体：需向有管辖权的自然资源局提出申请

• 层级管辖：根据《土地管理法实施条例》，县级以上自然资源局负责本行政区域内的土地管理工作。若“以租代征”行为发生在某县，应向该县自然资源局申请认定；若涉及跨区域或重大案件，可向上级部门（如市、省自然资源厅）反映。
  
• 职能分工：自然资源局内设执法监察部门负责查处土地违法行为，申请时可直接向该部门提交材料。

3. 申请流程：需提交书面材料并配合调查

• 申请材料：
  
  • 书面申请书（载明申请人信息、被认定行为的具体情况、请求事项等）；
    
  • 证据材料（如租赁合同、土地使用现状照片、证人证言等，证明存在“以租代征”行为）；
    
  • 身份证明（个人需提供身份证，单位需提供营业执照及法定代表人身份证明）。
    
• 调查程序：自然资源局收到申请后，会依法立案调查，包括现场勘验、询问当事人、查阅档案等。若认定行为违法，会出具《行政处罚决定书》或《违法用地认定书》；若不违法，会书面告知申请人并说明理由。

4. 注意事项：需关注时效与救济途径

• 时效问题：根据《行政处罚法》，自然资源局应在立案之日起60日内作出决定（情况复杂可延长30日）。若超期未答复，申请人可向上级部门申请行政复议或提起行政诉讼。
  
• 救济途径：若对认定结果不服，可在收到决定书之日起60日内申请行政复议，或6个月内直接向法院起诉。复议或诉讼期间，认定结果不停止执行（除非法院裁定停止）。

总结建议

若您发现“以租代征”行为，可依法向有管辖权的自然资源局提交书面认定申请，并附上相关证据。若部门未履行职责或认定结果有误，可通过复议或诉讼维护权益。如有具体案件细节需进一步分析，欢迎随时向我咨询。