结论：您可以先与开发商协商要求其按约定支付滞纳金；若协商不成，可通过诉讼或仲裁等法律途径解决，同时要注意诉讼时效以及合同条款的合法性等问题。以下是详细分析：
协商解决
- 依据与理由：购房协议是双方真实意思表示，具有法律效力。既然协议中明确约定了三年内未拿到产权证要按照万分之五赔偿滞纳金，那么在出现这种情况时，您首先可以与开发商进行友好协商。这是最直接、成本最低的解决方式，通过沟通，开发商可能会认识到自身的违约责任，并同意按照约定支付滞纳金。
- 操作建议：您可以准备好购房协议等相关文件，以书面或口头形式向开发商表明您的诉求，要求其按照合同约定履行赔偿义务。在协商过程中，要注意保留好沟通记录，如聊天记录、通话录音等，以备后续需要。
法律途径解决
- 诉讼
- 依据与理由：如果协商无果，您可以向人民法院提起诉讼。根据《民法典》等相关法律规定，当事人一方不履行合同义务或者履行合同义务不符合约定的，应当承担继续履行、采取补救措施或者赔偿损失等违约责任。在本案例中，开发商未在约定时间内为您办理产权证，构成违约，您有权要求其按照合同约定支付滞纳金。
- 操作建议：您需要撰写起诉状，明确诉讼请求、事实和理由，并附上相关证据材料，如购房协议、付款凭证、与开发商沟通的记录等，向有管辖权的人民法院提起诉讼。在诉讼过程中，要积极配合法院的审理工作，按时出庭，提供证据等。
- 仲裁
- 依据与理由：如果购房协议中有仲裁条款，约定双方在发生争议时通过仲裁方式解决，那么您也可以向约定的仲裁机构申请仲裁。仲裁具有一裁终局、保密性强等特点，也是一种有效的解决纠纷的方式。
- 操作建议：您需要按照仲裁规则向仲裁机构提交仲裁申请书和相关证据材料，仲裁机构受理后会组成仲裁庭进行审理，并作出裁决。您要遵守仲裁程序的规定，积极配合仲裁庭的工作。
注意事项
- 诉讼时效：要注意诉讼时效问题，一般来说，向人民法院请求保护民事权利的诉讼时效期间为三年。从您知道或者应当知道权利被侵害时起计算。因此，您要及时主张自己的权利，避免超过诉讼时效而丧失胜诉权。
- 合同条款合法性：虽然合同中约定了滞纳金，但也要确保该条款不违反法律法规的强制性规定。如果约定的滞纳金过高，开发商可能会请求法院或仲裁机构予以调整。根据相关法律规定，约定的违约金过分高于造成的损失的，人民法院或者仲裁机构可以根据当事人的请求予以适当减少。
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