针对您提出的“国有企业法人一人兼两个企业薪酬怎样发放”的问题，这确实是一个涉及劳动法、税法以及企业用工管理等多个方面的复杂问题。以下是我为您提供的详细解答：
一、薪酬发放的基本原则
首先，无论国有企业法人兼任多少个企业的职务，其薪酬发放都应遵循公平、合理、透明的原则，并确保符合相关法律法规的规定。
二、关联企业混同用工的情况
劳动关系认定：
- 如果该法人同时在两个国有企业任职，且这两个企业存在关联关系（如实际控制人相同、经营地址相同等），并构成“混同用工”的情况，那么这两个企业都应对该法人的劳动权益承担共同责任。
- 在这种情况下，劳动者的工资、经济补偿等权益应由这两个企业共同承担，具体比例可以根据实际情况协商确定，或者由法院根据相关证据进行裁决。
薪酬发放方式：
- 薪酬可以分别由两个企业各自发放，也可以由其中一个企业统一发放后，再与另一个企业进行内部结算。
- 无论采用哪种方式，都应确保薪酬的发放符合税法规定，并依法代扣代缴个人所得税。
三、个人所得税的处理
年终奖处理：
- 根据《国家税务总局关于调整个人取得全年一次性奖金等计算征收个人所得税方法问题的通知》的规定，在一个纳税年度内，对每一个纳税人，全年一次性奖金的计税办法只允许采用一次。
- 如果该法人在两个企业都取得了年终奖，那么可以选择将其中一个月的年终奖合并计算个人所得税，而另一个月的年终奖则作为当月收入补缴个人所得税。
其他薪酬处理：
- 除了年终奖外，该法人从两个企业取得的其他薪酬（如工资、津贴、补贴等）应合并计算个人所得税，并依法进行申报和缴纳。
四、建议与注意事项
明确劳动关系：
- 建议该法人与两个企业明确各自的劳动关系和职责范围，以避免出现劳动权益纠纷。
合规发放薪酬：
- 两个企业应确保薪酬的发放符合相关法律法规的规定，并依法代扣代缴个人所得税。
保留相关证据：
- 建议该法人保留好与两个企业签订的劳动合同、薪酬发放记录等相关证据，以备不时之需。
咨询专业机构：
- 如果对薪酬发放或个人所得税处理存在疑问，建议咨询专业的劳动法律师或税务机构，以确保合规操作。
综上所述，国有企业法人一人兼两个企业的薪酬发放问题涉及多个方面，需要综合考虑劳动关系认定、薪酬发放方式、个人所得税处理等因素。希望以上解答能对您有所帮助。如有任何疑问或需要进一步的帮助，请随时咨询。