结论：一人兼任两个公司法人时能否发放岗位补助，需结合具体法律关系、公司章程及财务制度综合判断，以下分情况说明：

1. 若两公司为关联企业且存在实际用工关系
   根据《劳动合同法》及《公司法》，若您与其中一家公司签订劳动合同并实际提供劳动，另一家公司仅因法人身份发放补助，需满足以下条件：

   • 合法性前提：补助需基于真实业务需求（如跨公司协调工作），且金额合理（参考市场同类岗位标准）；
     
   • 程序合规性：需通过公司董事会或股东会决议，明确补助性质（如“法人特别津贴”），并留存会议记录；
     
   • 税务合规性：补助需计入工资薪金总额，按“工资、薪金所得”代扣代缴个人所得税，避免被认定为“利用职务便利谋取私利”。
     风险点：若补助无合理依据，可能被认定为“利益输送”，损害公司或其他股东利益，引发民事赔偿或行政处罚。

2. 若两公司无关联关系，仅因法人身份发放补助
   此时需区分两种情形：

   • 无实际劳动付出：若您未向任一公司提供实质性劳动，仅因法人身份领取补助，可能被认定为“挂名取酬”，违反《公司法》第147条董事忠实义务，甚至涉嫌“职务侵占罪”（若补助金额巨大且损害公司利益）；
     
   • 有实际劳动付出：若您同时为两公司实际工作（如兼任高管），需与两公司分别签订劳动合同，明确岗位、职责及薪酬结构。此时补助可视为“兼职报酬”，但需满足：
     
     • 两公司均知情并同意；
       
     • 补助金额与实际工作量匹配；
       
     • 依法缴纳社保及个税。

3. 公司章程或内部制度有特殊规定时
   若公司章程明确禁止法人领取额外补助，或对高管薪酬有上限规定，则需优先遵守内部规则，否则可能因“违反公司章程”被股东会撤销决议或追究个人责任。

建议行动步骤：

1. 审查两公司章程及劳动合同，确认是否存在限制性条款；
   
2. 整理补助发放的依据（如会议决议、工作记录等），证明其合理性；
   
3. 咨询税务机关确认个税申报方式；
   
4. 若涉及关联交易，建议提前披露并履行审批程序（如股东会决议）。
   

如有进一步细节（如补助金额、公司关系等），可随时补充说明，我会为您细化分析。