将民办学校收入放在法人名下用于发工资，这一行为是否合法，需要分情况讨论：

1. 若该行为符合相关法律法规及学校章程规定：

   • 在某些特定情况下，如果民办学校的法人代表按照学校章程或相关法律法规的规定，将学校收入暂时存入其个人账户，并明确用于学校运营，包括发放工资等，且该行为经过了学校相关决策机构的批准，同时有完善的财务记录和审计制度，那么这种行为在形式上可能并不直接构成违法。但这种情况极为特殊，且需要严格的监管和透明的财务操作，以避免任何可能的法律风险。
   • 然而，必须强调的是，即便在上述特殊情况下，将学校收入存入个人账户也并非最佳实践。它可能引发公众对学校财务透明度的质疑，甚至可能触犯相关法律法规中关于公私财产混同、挪用资金等规定，尤其是在没有明确授权和严格监管的情况下。

2. 若该行为违反相关法律法规或学校章程规定：

   • 一般情况下，这种行为是不合法的。民办学校作为独立的法人实体，其财产应与法人代表的个人财产严格区分。将学校收入存入法人代表个人账户，并用于发放工资等学校运营支出，很可能构成对学校财产的侵占或挪用，违反了《民办教育促进法》、《会计法》以及《刑法》中关于挪用资金、职务侵占等相关规定。
   • 具体法律后果可能包括：法人代表可能面临行政处罚，如罚款、吊销办学许可证等；在情节严重的情况下，还可能构成犯罪，需要承担刑事责任，如有期徒刑、罚金等。同时，学校也可能因财务管理不善而面临声誉损失、招生困难等间接后果。

法律建议：

• 民办学校应严格遵守相关法律法规和学校章程的规定，确保学校财产的独立性和安全性。
• 学校应建立完善的财务管理制度，明确收入、支出的流程和审批权限，避免将学校收入存入个人账户。
• 如果确实需要因特殊原因将资金暂时存入个人账户，应确保有明确的授权和严格的监管措施，并及时进行财务记录和审计。
• 如果发现法人代表或相关人员存在侵占、挪用学校财产等违法行为，应及时向相关部门举报并寻求法律援助。

总结来说，将民办学校收入放在法人名下用于发工资，这一行为在大多数情况下是不合法的，且可能引发严重的法律后果。因此，我建议民办学校应严格遵守相关法律法规和学校章程的规定，确保学校财产的独立性和安全性。如果有任何疑问或需要进一步的法律帮助，请直接向我咨询。