房产经纪机构代理有违法建筑的房屋，需要承担的责任主要包括民事责任、行政责任，甚至可能涉及刑事责任。以下是对这些责任的详细分析：
民事责任
违约责任：
- 如果房产经纪机构与委托人（即房屋所有者或出售者）签订了代理合同，并明确约定了代理的房屋必须合法合规，那么代理有违法建筑的房屋就构成了违约。
- 根据《民法典》的相关规定，违约方需要承担违约责任，包括赔偿因违约给对方造成的损失。
侵权责任：
- 如果房产经纪机构在代理过程中，因故意或过失导致购房者因违法建筑而遭受损失（如购房后无法办理产权证、被政府强制拆除等），那么房产经纪机构可能需要承担侵权责任。
- 侵权责任的范围包括赔偿购房者的直接损失和间接损失，如购房款、装修费用、搬迁费用等。
与委托人连带责任：
- 根据《房地产经纪管理办法》第二十五条，房地产经纪机构和房地产经纪人员不得为不符合交易条件的保障性住房和禁止交易的房屋提供经纪服务。若违反此规定，给当事人造成损失的，应当与委托人承担连带赔偿责任。
行政责任
警告与罚款：
- 根据《房地产经纪管理办法》第三十七条，房地产经纪机构为禁止交易的房屋提供经纪服务的，由县级以上地方人民政府建设（房地产）主管部门责令限期改正，记入信用档案；对房地产经纪人员处以1万元罚款；对房地产经纪机构，取消网上签约资格，处以3万元罚款。
其他行政处罚：
- 除了警告和罚款外，房产经纪机构还可能面临其他行政处罚，如停业整顿、吊销营业执照等，具体取决于违法行为的严重程度和当地监管部门的执法力度。
刑事责任（极端情况下）
- 在极端情况下，如果房产经纪机构明知房屋是违法建筑，仍然故意隐瞒真相或提供虚假信息，导致购房者遭受重大损失，且该行为构成犯罪的（如诈骗罪），那么房产经纪机构及其相关责任人员可能需要承担刑事责任。
实际建议
- 尽职调查：房产经纪机构在接受委托前，应对房屋的合法性进行尽职调查，确保房屋不存在违法建筑等问题。
- 合同约定：在代理合同中明确约定房屋必须合法合规，并约定因房屋违法导致的违约责任和赔偿责任。
- 风险提示：在代理过程中，向购房者充分披露房屋的实际情况和潜在风险，避免因信息不对称而引发纠纷。
总结来说，房产经纪机构代理有违法建筑的房屋需要承担多方面的责任。因此，作为房产经纪机构，应当严格遵守相关法律法规和行业规范，确保代理的房屋合法合规，以维护自身和购房者的合法权益。如果您在房产领域遇到任何法律问题，都可以直接向我咨询。