奖金发放到部门负责人账户这一行为是否合法，不能一概而论，需要分情况讨论：
如果奖金是公司明确规定或劳动合同中约定应直接发放给员工个人的：
- 那么公司将奖金发放到部门负责人账户，显然违反了公司规定或劳动合同约定，也侵犯了员工的合法权益。员工有权要求公司按照约定或规定，将奖金直接发放给自己。若公司拒绝，员工可以通过劳动仲裁或诉讼等法律途径来维护自己的权益。
如果奖金的发放方式在公司规定或劳动合同中没有明确约定，且公司有合理的理由将奖金发放到部门负责人账户：
- 例如，为了便于管理、统一发放或避免员工之间的纠纷等，且这种发放方式并不损害员工的实际利益（如部门负责人会及时、足额地将奖金转交给员工），那么这种发放方式可能并不违法。但这种情况下，公司应当确保奖金的发放过程透明、公正，且能够证明员工确实收到了应得的奖金。
从税务和财务合规的角度来看：
- 无论奖金发放给谁，公司都需要确保税务和财务的合规性。如果公司将奖金发放到部门负责人账户，但实际上是代员工收取，那么公司需要确保有完善的内部流程和记录，以证明这一点，并避免被税务机关认定为偷逃税款或进行其他不合规的财务操作。
法律建议：
- 对于员工而言，如果发现公司将自己的奖金发放到部门负责人账户，首先应当与公司进行沟通，了解公司的具体做法和理由。如果沟通无果，或者认为公司的做法侵犯了自己的合法权益，可以向当地的劳动监察部门投诉，或者通过劳动仲裁、诉讼等法律途径来维护自己的权益。
- 对于公司而言，应当明确奖金的发放方式和对象，并在公司规定或劳动合同中予以明确约定。如果确实需要改变奖金的发放方式，应当与员工进行充分沟通，并确保新的发放方式不损害员工的实际利益。同时，公司还需要确保税务和财务的合规性，避免因为奖金发放问题而引发不必要的法律风险。
可能后果：
- 如果公司未经员工同意，擅自将奖金发放到部门负责人账户，且无法证明员工确实收到了应得的奖金，那么公司可能面临劳动仲裁或诉讼的风险，并需要承担相应的法律责任，如支付奖金、赔偿损失等。
- 如果公司的奖金发放方式存在税务或财务不合规的问题，那么公司还可能面临税务机关的处罚，如补缴税款、罚款等。
总之，奖金发放到部门负责人账户是否合法，需要根据具体情况来判断。如果有任何疑问或争议，建议直接向我咨询，我会根据具体情况提供专业的法律意见。