针对您提出的“员工辞职公司扣保险费是否合法”的问题，以下是我的详细解答：
结论前置：公司在员工离职后扣除公司缴纳的社会保险费是不合法的，除非在特殊且经过合法程序与员工达成一致的情况下。
一、法律依据与社保缴纳责任
根据《中华人民共和国劳动法》和《中华人民共和国社会保险法》的相关规定，用人单位有义务自行申报、按时足额缴纳社会保险费，这是公司的法定义务，不能随意转嫁给员工。具体来说：
- 《中华人民共和国劳动法》明确规定，用人单位不得克扣或者无故拖欠劳动者的工资，这包括以任何名义扣除的费用。
- 《中华人民共和国社会保险法》进一步指出，社会保险费由用人单位和职工共同缴纳，但公司缴纳的部分是公司的责任，不能因员工离职而要求员工承担。
二、具体情形分析
正常离职情况：
- 在员工正常办理离职手续时，公司应当按照正常流程为员工缴纳社保至离职当月。
- 公司缴纳的社会保险费部分应由公司自行承担，个人缴纳部分则从员工工资中代扣代缴（如果尚未扣除）。
- 如果公司在员工离职后擅自扣除应由公司承担的社保部分，这明显违反了法律法规，属于违法行为。
特殊情况：
- 唯一可能的特殊情况是，如果员工离职后，公司因误操作多缴纳了本不应缴纳的月份社保费用。
- 即便在这种情况下，公司也需要与员工充分沟通并取得员工同意后，才能扣除相应误缴费用，且扣除范围仅限于误缴部分且扣除方式需合理。
- 实践中，公司必须提供明确证据并遵循合法程序，否则仍可能构成违法扣款。
三、员工权益保护与维权途径
员工权益：
- 员工有权拒绝公司不合理地扣除其离职后应由公司缴纳的社会保险费用。
- 如果公司坚持扣款，员工可以要求公司提供明确的扣款依据和合法程序说明。
维权途径：
- 友好协商：首先尝试与公司进行友好协商，要求其纠正错误做法并返还不合理扣除的费用。
- 劳动监察投诉：若协商不成，员工可以向当地劳动监察部门投诉，劳动监察部门有权责令公司改正并退还扣除款项。
- 劳动仲裁与法律诉讼：员工还可以选择申请劳动仲裁或通过法律途径维护自己的合法权益，必要时可咨询专业律师以获取更具体的法律帮助和指导。
四、建议与总结
- 离职前确认：员工在离职前应与公司确认社保缴纳情况，确保公司按时足额缴纳了应由其承担的社会保险费用。
- 证据收集：如发现公司有违法扣款行为，员工应及时收集相关证据（如工资条、社保缴费记录、劳动合同等），以便日后维权使用。
- 法律意识：员工应增强自己的法律意识，了解自己的合法权益，并在必要时采取法律手段维护自己的合法权益。
综上所述，公司在员工离职后擅自扣除公司缴纳的社会保险费是不合法的。员工应了解自己的权益，并在必要时采取法律手段维护自己的合法权益。希望以上解答能对您有所帮助。