承租人以土地使用权被非法侵占为由，是具有诉讼主体资格的。以下从多个角度进行分析：
一、法律关系基础
在土地租赁关系中，承租人通过合法租赁合同取得了土地的使用权。这一使用权是受到法律保护的，任何非法侵占行为都构成对承租人合法权益的侵害。因此，当承租人的土地使用权受到非法侵占时，其有权依法维护自己的权益。
二、诉讼主体资格的法律依据
《民事诉讼法》的相关规定：
- 根据《民事诉讼法》的规定，民事诉讼的原告应当是与本案有直接利害关系的公民、法人和其他组织。在土地租赁关系中，承租人作为土地使用权的合法持有者，与土地被非法侵占的案件具有直接利害关系，因此具备诉讼主体资格。
租赁合同法的保护：
- 租赁合同是出租人将租赁物交付承租人使用、收益，承租人支付租金的合同。在租赁期间，承租人享有对租赁物的合法使用权。如果租赁物（土地）被非法侵占，承租人作为合同的一方，有权依据租赁合同法的规定，要求侵占人停止侵害、恢复原状或赔偿损失等。
三、诉讼主体资格的实践应用
提起诉讼的合理性：
- 承租人作为土地使用权的合法持有者，在土地被非法侵占时，提起诉讼是维护自己合法权益的合理途径。通过诉讼，承租人可以要求法院确认其土地使用权，并判决侵占人承担相应的法律责任。
诉讼过程中的举证责任：
- 在诉讼过程中，承租人需要承担举证责任，证明自己对土地享有合法的使用权，以及土地被非法侵占的事实。这通常包括提供租赁合同、土地使用权证明、侵占行为的证据等。
诉讼结果的影响：
- 如果承租人能够成功证明其土地使用权被非法侵占，法院可能会判决侵占人停止侵害、恢复原状或赔偿损失等。这将有助于承租人恢复对土地的正常使用，并维护其合法权益。
四、特殊情况下的考虑
租赁期限的合法性：
- 虽然用户提到土地租赁期为50年，但根据相关法律法规的规定，农村土地租赁期限一般不得超过二十年（特殊林木的林地承包期，经国务院林业行政主管部门批准可以延长）。如果租赁期限超过法定上限，超出部分可能无效。然而，这并不影响承租人在合法租赁期限内对土地使用权的保护，以及其在土地被非法侵占时的诉讼主体资格。
租赁合同的效力：
- 如果租赁合同存在无效或可撤销的情形（如欺诈、胁迫等），承租人可能需要先通过法律途径确认合同的效力。但在合同被确认无效或撤销之前，承租人仍然可以基于合同关系主张其土地使用权，并在土地被非法侵占时提起诉讼。
建议：如果您作为承租人遇到土地使用权被非法侵占的情况，建议及时收集相关证据（如租赁合同、土地使用权证明、侵占行为的照片或视频等），并咨询专业律师（即我本人，姚前松律师，专注于婚姻家庭、经济纠纷、债权债务领域）以了解具体的法律程序和维权策略。