在非法采矿刑事案件中，若被告人于二审阶段“藏起来”（即逃避审判、拒不到庭），司法机关会依法采取以下措施进行处理：

1. 强制措施的适用
   根据《刑事诉讼法》第81条，对有证据证明有犯罪事实且可能判处徒刑以上刑罚，采取取保候审尚不足以防止社会危险性的被告人，可予以逮捕。若被告人二审期间逃避审判，法院可决定逮捕并交由公安机关执行，通过网上追逃、技术侦查等手段强制归案。

2. 缺席审判的例外情形
   我国刑事诉讼原则上要求被告人到庭，但若被告人潜逃境外，根据《刑事诉讼法》第291条，法院可对贪污贿赂等重大案件进行缺席审判。但非法采矿罪一般不属于此类情形，除非案件同时涉及贪污贿赂等特殊罪名且被告人逃匿境外，否则通常不适用缺席审判。

3. 中止审理与程序推进
   若被告人下落不明导致案件无法继续审理，法院可依据《刑事诉讼法》第206条裁定中止审理，待被告人归案后恢复程序。若被告人长期潜逃，检察院可建议法院中止审理，同时公安机关继续追捕。

4. 量刑与追责的考量
   被告人逃避审判的行为可能被认定为“认罪态度差”，在量刑时作为从重情节。若其归案后拒不认罪，法院将依据在案证据（如矿产品价值鉴定、采矿许可证明、证人证言等）独立定罪量刑。

实务建议：

• 司法机关会优先通过技术手段（如人脸识别、通讯监控）定位被告人，而非直接中止程序；
  
• 被告人潜逃期间，其辩护律师仍可代为提交辩护意见，但无法行使质证权等诉讼权利；
  
• 若被告人最终归案，法院将合并审理中止期间的期间，确保诉讼效率。
  

如有进一步细节（如被告人是否收到传票、潜逃时间等），可向我补充说明，我会结合具体案情分析。