工程款并非全部归挂靠人所有，其归属需根据具体情况及法律规定来判断。以下是对此问题的详细分析：
一、工程款的基本支付流程与归属原则
支付流程：
- 在建设工程领域，通常是以被挂靠单位名义与发包方签订建设工程施工合同。因此，从合同的外在表现形式上看，工程款会首先支付到被挂靠单位账户。
- 然而，实际施工是由挂靠人组织人员、投入资金、技术等进行的。挂靠人与被挂靠单位往往有内部协议，约定挂靠人自负盈亏，被挂靠单位仅收取管理费。
归属原则：
- 尽管工程款形式上先进入被挂靠单位账户，但实质上应归实际完成工程施工并承担相应风险的一方，即挂靠人，在工程质量合格且符合其他法定条件时，有权主张工程款。
二、法律依据与司法解释
法律禁止挂靠行为：
- 根据《中华人民共和国建筑法》的相关规定，禁止建筑施工企业允许其他单位或个人使用其资质证书、营业执照承揽工程。挂靠行为是违法的，但这并不影响挂靠人作为实际施工人对工程款的权益主张，在工程质量合格等条件下，其权益应得到法律保护。
司法解释支持实际施工人权益：
- 《最高人民法院关于审理建设工程施工合同纠纷案件适用法律问题的解释》及后续修订版本均明确规定，即使建设工程施工合同因挂靠等违法行为而无效，但只要建设工程质量合格，一方当事人请求参照实际履行的合同关于工程价款的约定折价补偿承包人的，人民法院应予支持。这表明法律认可实际施工人对工程款的权益主张。
三、工程款归属的具体情况分析
工程质量合格：
- 如果挂靠人实际施工的工程质量合格，且符合合同约定及法律规定，那么挂靠人有权主张工程款。此时，被挂靠单位在收到工程款后，有义务按照合同约定或法律规定及时转付给挂靠人。
工程质量不合格：
- 如果工程质量不合格，挂靠人可能无法主张全额工程款，甚至可能需要承担修复费用或赔偿责任。此时，工程款的归属将受到工程质量问题的严重影响。
内部协议约定：
- 挂靠人与被挂靠单位之间的内部协议对工程款的分配有重要影响。如果协议明确约定了工程款的归属及支付方式，那么双方应按照协议履行。但需要注意的是，内部协议不得违反法律法规的强制性规定，否则可能被认定为无效。
四、操作建议与风险提示
操作建议：
- 对于挂靠人而言，应确保实际施工的工程质量合格，并保留好相关证据，如施工日志、工程签证单、施工图纸等，以证明自己的实际施工人身份及工程质量情况。
- 在与被挂靠单位签订内部协议时，应明确约定工程款的归属及支付方式，并确保协议内容合法有效。
- 在主张工程款时，应优先通过协商方式解决纠纷。如果协商无果，可以依法向人民法院提起诉讼或申请仲裁。
风险提示：
- 挂靠行为本身是违法的，可能面临行政处罚等法律风险。因此，建议各方遵守法律法规，规范市场秩序，避免不必要的纠纷和损失。
- 在主张工程款时，挂靠人需要承担举证责任，证明自己的实际施工人身份及工程质量情况。如果证据不足或存在瑕疵，可能导致主张无法得到支持。
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