核心结论：针对流转后被非法占用的土地在第三轮承包中的处理，需分情况讨论，主要涉及确认流转合法性、非法占用的法律定性及救济途径、第三轮承包的衔接问题。以下是具体分析：

1. 确认土地流转的合法性是前提

• 合法流转的情形：若土地流转（如转包、出租、互换等）已依法签订书面合同，并经发包方（村集体）备案或同意，且流转期限未超过原承包合同的剩余期限，则流转行为合法有效。此时，非法占用方可能构成侵权或违约，您有权要求其返还土地并赔偿损失。
• 非法流转的情形：若流转未签订书面合同、未经发包方同意，或流转期限超过原承包合同剩余期限，则流转可能被认定为无效。此时，需先通过法律程序确认流转无效，再主张土地返还。

2. 非法占用的法律定性及救济途径

• 侵权责任：无论流转是否合法，非法占用方未经许可占有土地均构成侵权。您可依据《民法典》第1165条，要求其停止侵害、返还土地，并赔偿因占用导致的损失（如土地收益损失）。
• 行政干预：若占用方拒不返还，可向当地农业农村部门或乡镇政府投诉，请求行政调解或行政处罚（如责令退还、罚款）。
• 刑事责任：若占用方通过暴力、威胁等手段强行占用，可能涉嫌《刑法》第245条非法侵入住宅罪（若涉及宅基地）或第293条寻衅滋事罪，可向公安机关报案。

3. 第三轮承包的衔接问题

• 承包权不变：根据《农村土地承包法》第21条，承包期届满后由村集体继续承包，土地承包经营权不受流转或占用影响。第三轮承包时，您仍享有承包权，非法占用不影响您参与新一轮承包。
• 优先权主张：若土地因占用导致无法实际经营，您可在第三轮承包中主张优先承包权（如村集体调整土地时），并要求占用方赔偿占用期间的损失。

4. 实务建议

• 收集证据：保留流转合同、土地权属证明、占用现场照片/视频、沟通记录等，作为维权依据。
• 协商优先：尝试与占用方协商，明确返还期限及赔偿方案，降低维权成本。
• 法律程序：若协商无果，可向法院提起民事诉讼（侵权之诉或合同之诉），或申请仲裁（若合同有仲裁条款）。

总结：土地流转后被非法占用，需先确认流转合法性，再通过侵权诉讼、行政投诉或刑事报案等途径维权。第三轮承包中，您的承包权不受影响，可依法主张优先承包并索赔。如有具体证据或细节需进一步分析，可直接向我咨询。