核心结论：签了土地流转合同且流转期限包含第三轮土地承包期，需分情况判断合同效力及后续处理方式，主要有合同有效按约履行、合同部分无效调整履行、合同无效重新协商或处理三种情况。

情况分析：

1. 合同有效，按约履行
   • 前提条件：如果土地流转合同是在双方自愿、平等、公平、诚实信用等原则基础上签订的，且合同内容不违反法律、行政法规的强制性规定，不违背公序良俗，同时流转期限虽然包含第三轮土地承包期，但整体流转期限未超过承包期的剩余期限（例如第二轮承包期还剩10年，流转合同约定流转10年，其中后几年涉及第三轮承包期开始阶段），那么该合同是有效的。
   • 处理方式：双方应按照合同约定全面履行各自的义务。流转方应按照约定将土地交付受让方使用，受让方应按照约定支付流转费用等。例如，流转方按时将土地交给受让方用于农业生产，受让方按照合同约定的金额和时间支付土地流转金。
2. 合同部分无效，调整履行
   • 前提条件：若合同约定的流转期限超过了承包期的剩余期限，超出部分是无效的。比如第二轮承包期还剩5年，但流转合同约定流转10年，那么超出的5年部分无效。
   • 处理方式：对于合同有效的部分（即未超过承包期剩余期限的部分），双方仍应按照约定履行。对于无效的部分，双方可以协商对流转期限进行调整，使其在合法范围内。如果协商不成，受让方可能需要根据实际使用土地的时间支付相应的流转费用，流转方可能需要返还受让方多支付的部分费用。例如，原本约定流转10年支付10万元，实际有效流转5年，那么受让方可能只需支付5万元，流转方需返还5万元。
3. 合同无效，重新协商或处理
   • 前提条件：如果合同存在其他导致合同无效的情形，如以欺诈、胁迫的手段订立合同，损害国家利益；恶意串通，损害国家、集体或者第三人利益；以合法形式掩盖非法目的等，那么整个合同无效，无论流转期限是否包含第三轮土地承包期。
   • 处理方式：合同无效或者被撤销后，因该合同取得的财产，应当予以返还；不能返还或者没有必要返还的，应当折价补偿。有过错的一方应当赔偿对方因此所受到的损失，双方都有过错的，应当各自承担相应的责任。例如，流转方因合同无效需要将土地收回，受让方需要将土地恢复原状后返还给流转方，如果受让方在土地上进行了改良等投入，流转方可能需要给予一定的补偿；如果是因为受让方的欺诈行为导致合同无效，受让方可能需要赔偿流转方因此遭受的损失。

后续建议：如果遇到此类情况，建议双方先友好协商，尽量达成一致意见。如果协商不成，可以收集好合同等相关证据，通过向农村土地承包仲裁委员会申请仲裁或者向人民法院起诉的方式来解决纠纷。有问题可以直接向我咨询。