关于“约定管辖在分公司，是否可以在总公司所在地起诉”的问题，结论是：这主要取决于具体的管辖约定内容以及相关法律规定，一般情况下，如果管辖约定明确且合法有效，应遵循约定；但若约定存在瑕疵或不符合法律规定，则可能存在在总公司所在地起诉的可能性。以下从几个角度详细分析：
管辖约定的法律效力：
- 根据《中华人民共和国民事诉讼法》的相关规定，合同或者其他财产权益纠纷的当事人可以书面协议选择被告住所地、合同履行地、合同签订地、原告住所地、标的物所在地等与争议有实际联系的地点的人民法院管辖，但不得违反本法对级别管辖和专属管辖的规定。
- 如果分公司与对方在合同中明确约定了管辖法院，且该约定符合上述法律规定，那么该约定是具有法律效力的，双方应遵守。在此情况下，一般应在约定的管辖法院提起诉讼，而非总公司所在地。
分公司与总公司的法律关系：
- 分公司是总公司的分支机构，不具有独立的法人资格，其民事责任由总公司承担。但这并不意味着分公司的所有法律行为都直接等同于总公司的法律行为。
- 在管辖约定上，如果分公司以自己的名义与对方签订合同并约定了管辖法院，且该约定合法有效，那么该约定对分公司和对方均具有约束力。除非有充分理由证明该约定存在瑕疵或不符合法律规定，否则一般不应轻易否定其效力。
可能的例外情况：
- 如果管辖约定存在瑕疵，如约定不明确、违反级别管辖或专属管辖规定等，那么该约定可能被认定为无效或部分无效。在此情况下，原告可能会选择在总公司所在地或其他有管辖权的法院提起诉讼。
- 另外，如果分公司已经注销或撤销，且其民事责任由总公司承担，那么在与分公司相关的诉讼中，总公司可能会成为被告。此时，如果原管辖约定因分公司注销而无法履行或不再适用，原告也可能会选择在总公司所在地提起诉讼。
实际操作建议：
- 在签订合同时，应明确约定管辖法院，并确保该约定符合法律规定。如果希望在公司所在地（如总公司所在地）提起诉讼，应在合同中明确约定。
- 如果发生纠纷且对方在约定的管辖法院提起诉讼，而你认为该约定存在瑕疵或不符合法律规定，应及时向法院提出管辖权异议，并提交相关证据支持自己的观点。
- 在任何情况下，都应咨询专业律师的意见，以确保自己的权益得到充分保护。
总结来说，约定管辖在分公司的情况下，是否可以在总公司所在地起诉取决于具体的管辖约定内容以及相关法律规定。如果管辖约定明确且合法有效，应遵循约定；但如果约定存在瑕疵或不符合法律规定，则可能存在在总公司所在地起诉的可能性。在实际操作中，建议根据具体情况咨询专业律师的意见。如果你有进一步的法律问题或需要更详细的解释，可以直接向我咨询。