结论：履约保证金没按合同比例提交，工程竣工后是否返还，需根据合同具体约定、未足额提交的原因及双方协商情况综合判断。以下从不同角度进行分析：
一、合同有明确约定的情况
约定返还条件：
- 如果合同中明确规定了履约保证金的返还条件，包括返还时间、返还比例以及未足额提交时的处理方式等，那么应当按照合同约定执行。
- 例如：合同约定“工程竣工验收合格后，且承包人无违约行为，发包人应在30日内无息返还履约保证金”。若承包人虽未足额提交履约保证金，但工程已竣工验收合格且无其他违约行为，发包人仍应按约定返还剩余保证金（若合同未对未足额提交部分有特别处理约定）。
约定未足额提交的后果：
- 若合同中明确约定了未足额提交履约保证金的后果，如扣除部分保证金、承担违约责任等，则应按约定执行。
- 例如：合同约定“承包人未按约定比例提交履约保证金的，发包人有权扣除未提交部分金额的20%作为违约金”。在此情况下，即使工程竣工，承包人也可能因未足额提交而承担违约责任，保证金返还金额会相应减少。
二、合同无明确约定的情况
双方协商处理：
- 如果合同中没有对履约保证金的返还条件或未足额提交的后果作出明确约定，双方应首先通过协商解决。
- 建议：承包人可与发包人沟通，说明未足额提交的原因（如资金周转困难等），并争取达成返还协议。发包人也可根据工程实际情况和承包人的履约表现，酌情考虑返还部分或全部保证金。
依据法律规定处理：
- 在协商无果的情况下，可依据相关法律规定处理。虽然《民法典》等法律法规未直接规定履约保证金的返还问题，但可参照担保法的一般原则，即担保物权的实现应遵循公平、诚实信用等原则。
- 分析：若承包人已履行主要合同义务（如工程竣工验收合格），且未足额提交履约保证金并未给发包人造成实际损失，发包人要求扣除全部或部分保证金可能缺乏合理依据。此时，承包人可通过法律途径主张返还保证金。
三、特殊情况下的处理
发包人过错导致未足额提交：
- 如果未足额提交履约保证金是由于发包人的过错导致的（如发包人未及时提供保证金账户信息、未按时接收保证金等），则发包人应承担相应责任，不得因此扣除承包人的保证金。
不可抗力等不可预见因素：
- 若因不可抗力等不可预见因素导致承包人无法按时足额提交履约保证金，且承包人已及时通知发包人并采取合理措施减轻损失的，发包人应酌情考虑返还保证金或免除承包人的部分责任。
建议：在实际操作中，建议承包人在签订合同时就履约保证金的提交、返还等条款进行明确约定，以避免后续纠纷。若已发生纠纷，应及时收集证据（如合同、付款凭证、沟通记录等），并咨询专业律师以维护自身合法权益。如有任何疑问或需要进一步的法律帮助，请直接向我咨询。