设施农用地一般不可以直接作为农业公司的注册地，但需分情况讨论：

1. 设施农用地的性质与用途限制
   根据《土地管理法》及《自然资源部、农业农村部关于设施农业用地管理有关问题的通知》，设施农用地属于农用地范畴，主要用于农业生产中的直接经营性配套设施（如种植养殖生产、贮藏、农业技术推广等）。其核心用途是服务于农业生产活动，而非作为企业办公或注册的商业用途。因此，若仅以设施农用地作为公司注册地址，可能因土地用途不符被登记机关拒绝。

2. 例外情形：符合规划的配套管理用房
   若设施农用地项目中包含符合土地利用总体规划和城乡规划的管理用房（如办公室、检验检测用房等），且该用房已依法办理农用地转用审批或备案手续（如转为建设用地），则可能被允许作为公司注册地。但需满足以下条件：

   • 用房需为农业生产直接配套的必要设施；
     
   • 土地性质已依法变更为建设用地（需取得《建设用地规划许可证》等）；
     
   • 符合当地产业园区或农业基地的集中注册政策（如部分地区允许农业企业以园区内配套用房注册）。

3. 实践建议

   • 优先选择合法建设用地：若需注册公司，建议选择已取得国有土地使用权证或集体建设用地使用证的地址，避免因土地性质问题导致注册失败。
     
   • 咨询当地登记机关：不同地区对农业公司注册地的要求可能存在差异（如部分农业大省允许以农村集体经营性建设用地注册），需提前向市场监管部门确认政策。
     
   • 完善用地手续：若设施农用地中包含管理用房，需确保其已通过农用地转用审批，并取得规划、环保等部门许可，否则可能面临“未批先建”的行政处罚。

总结：设施农用地本身因用途限制难以直接作为公司注册地，但若其中包含合法转用的管理用房且符合当地政策，则存在可能性。建议结合土地性质、规划审批及地方政策综合判断，必要时可提供具体用地文件进一步分析。