发生交通肇事且车辆投保了第三者责任险时，保险公司会按照以下流程办理理赔：
报案与现场查勘：
- 事故发生后，您应立即向交警部门报案，并同时通知所投保的保险公司。保险公司会安排查勘人员前往事故现场进行查勘，了解事故经过、损失情况等，并拍摄现场照片作为证据。
提交理赔材料：
- 您需要按照保险公司的要求，准备并提交相关的理赔材料。这些材料通常包括：事故认定书、驾驶证、行驶证、保险单、身份证、医疗费用发票、维修费用发票等。确保材料的真实性和完整性，以便保险公司能够顺利审核。
审核与定损：
- 保险公司会对您提交的理赔材料进行审核，并根据查勘结果和保险条款，对事故造成的损失进行定损。定损过程中，保险公司可能会与您或第三方进行沟通，以确认损失的具体情况。
赔款计算与支付：
- 根据定损结果和保险条款，保险公司会计算出应支付的赔款金额。在确认无误后，保险公司会将赔款支付给您或指定的受益人。支付方式通常包括银行转账等，确保赔款能够及时到账。
在办理过程中，有几点需要特别注意：
- 及时报案：事故发生后，务必尽快向保险公司报案，以便保险公司能够及时安排查勘和理赔工作。延迟报案可能会影响理赔进度和结果。
- 保留证据：在事故现场和后续处理过程中，务必保留好相关证据，如现场照片、事故认定书、医疗费用发票等。这些证据对于保险公司定损和赔款计算至关重要。
- 配合调查：在保险公司进行查勘和理赔过程中，您需要积极配合调查工作，提供真实、准确的信息和材料。如有隐瞒或虚假陈述，可能会影响理赔结果，甚至承担法律责任。
若对保险公司的理赔决定有异议：
- 您可以与保险公司进行沟通协商，寻求解决方案。
- 如果协商无果，您可以向当地的保险监管部门投诉或寻求法律援助，以维护自己的合法权益。
在处理交通肇事和第三者责任险理赔过程中，如有任何疑问或需要进一步的法律帮助，请随时向我咨询。