单位将社保费用全部从员工工资中扣除是不合法的，这一行为违反了法律规定的社保费用分担原则，并侵害了员工的合法权益。以下是对此问题的详细解答：
一、社保费用分担原则
根据《中华人民共和国劳动法》第七十二条的规定，社会保险是用人单位和劳动者的共同责任，费用由双方按照规定比例分担。这确保了社保制度的公平性和可持续性，也明确了用人单位和劳动者在社保缴费上的各自义务。
二、具体缴纳比例（示例）
- 基本养老保险：单位缴费比例通常为16%（部分地区可能为20%），个人缴费比例为8%。
- 基本医疗保险：单位缴费比例在6%-10%之间，个人缴纳比例为2%。
- 失业保险：单位缴费比例在0.5%-1%之间（部分地区可能为1.5%），个人缴纳比例为0.3%-1%。
- 工伤保险：完全由单位缴纳，个人不承担费用，单位缴纳比例一般为0.5%-1.2%。
- 生育保险：同样由单位缴纳，个人不承担费用，单位缴纳比例通常为0.8%。
三、合法性分析
- 合法代扣代缴：公司从员工工资中代扣代缴员工个人应承担的社保费用是合法的，这是公司履行社保缴费义务的一部分。
- 违法全额扣除：然而，如果公司试图将应由其承担的社保费用也转嫁到员工身上，即从员工工资中全额扣除社保费用，这是违法的。这种行为违反了社保费用的分担原则，损害了员工的经济利益。
四、员工权益保护措施
面对单位违法扣除社保费用的情况，员工可以采取以下措施来维护自己的合法权益：
- 与公司沟通协商：首先尝试与公司进行友好沟通，明确指出公司的违法行为，并要求纠正。
- 向劳动监察部门投诉：如果公司不予理会或拒绝纠正，员工可以向当地劳动监察部门投诉举报，寻求政府部门的帮助和支持。
- 申请劳动仲裁：如果沟通协商和投诉均无果，员工可以向劳动仲裁机构申请仲裁，通过法律途径维护自己的合法权益。
总结：单位缴纳社保全部从员工工资中扣除是违法的。员工应了解自己的社保权益和义务，及时采取措施保护自己的合法权益不受侵害。同时，也建议相关部门加强监管力度，确保社保制度的公平性和有效性。