结论：两份合同签完后又加了两个字上去，且对方保留了修改后的合同而您丢失了自己的那份，法院是否认同修改后的内容，这取决于多个因素，包括修改是否构成对原合同的实质性变更、双方是否就修改内容达成一致、以及您能否提供其他证据证明原合同内容等。
分析说明：
合同修改的性质：
- 如果所加的两个字对合同的主要条款、权利义务关系产生了实质性影响，那么这种修改可能构成对原合同的实质性变更。在这种情况下，法院会重点审查双方是否就修改内容达成了新的合意。
- 如果所加的两个字并未改变合同的主要条款和权利义务关系，只是对某些细节进行了补充或澄清，那么这种修改可能被视为对原合同的非实质性变更，法院在认定时可能会更加倾向于保护原合同的效力。
双方合意的情况：
- 合同是双方意思表示一致的产物。如果双方就修改后的合同内容达成了新的合意，并且这种合意是自愿、平等、公平的，那么法院通常会认可修改后的合同内容。
- 如果您能够证明对方在修改合同时存在欺诈、胁迫等不正当手段，或者修改内容并非您的真实意思表示，那么法院可能会否定修改后的合同内容。
证据的提供：
- 在合同纠纷中，证据是至关重要的。如果您丢失了自己的那份合同，但能够提供其他证据（如电子邮件、短信记录、证人证言等）来证明原合同的内容或者双方就修改内容达成的合意，那么这些证据可能会对法院的认定产生重要影响。
- 如果您无法提供任何证据来支持自己的主张，而对方又能够提供修改后的合同作为证据，那么法院可能会根据现有证据来认定事实。
法律建议：
- 收集证据：尽快收集所有可能与合同修改相关的证据，包括但不限于电子邮件、短信记录、证人证言等。这些证据将有助于您证明原合同的内容或者双方就修改内容达成的合意。
- 咨询专业律师：由于合同纠纷可能涉及复杂的法律问题和证据认定，建议您咨询专业律师以获取更具体的法律建议。律师可以根据您的具体情况和证据情况，为您制定合适的诉讼策略。
- 考虑和解或调解：如果可能的话，您可以考虑与对方进行和解或调解。通过协商达成一致意见，可以避免漫长的诉讼过程和不确定的诉讼结果。
后续行动指南：
- 如果您决定通过法律途径解决纠纷，请确保在诉讼时效内提起诉讼，并准备好所有相关证据和材料。
- 在诉讼过程中，积极配合律师的工作，按照法院的要求提供证据和参加庭审等活动。
- 保持与对方的沟通渠道畅通，以便在必要时进行和解或调解。
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