结论：公司对货车司机干私活罚款5万是否违法，不能一概而论，需结合具体情况判断。以下从不同角度进行分析：
一、公司规章制度的角度
规章制度合法性：
- 公司有权制定内部规章制度来管理员工，包括对员工违反工作纪律的行为进行处罚。但这些规章制度必须合法、合理，且经过民主程序制定，并向员工公示或告知。
- 如果公司的规章制度中明确规定了员工不得干私活，并规定了相应的处罚措施，且该规章制度符合上述合法性要求，那么公司对员工干私活进行罚款是有依据的。
罚款数额的合理性：
- 即使规章制度合法，罚款数额也需合理。根据《中华人民共和国劳动合同法》及相关法律法规，公司对员工的罚款应当与员工的过错程度相适应，且不得超过法定限额（如不得超过员工当月工资的20%，且扣除后的剩余工资不得低于当地最低工资标准）。
- 如果公司罚款5万明显过高，超出了合理范围，那么这种罚款可能是违法的。
二、劳动合同的角度
劳动合同约定：
- 如果劳动合同中明确约定了员工不得干私活，并规定了相应的违约责任或处罚措施，那么公司有权依据劳动合同对员工进行处罚。
- 但同样，处罚措施需合理合法，不得违反法律法规的强制性规定。
劳动合同变更：
- 如果公司想要修改劳动合同中关于员工不得干私活或处罚措施的条款，需要与员工协商一致，并签订书面变更协议。未经员工同意，公司不得单方面变更劳动合同。
三、实际案例与司法实践
- 在实际案例中，法院会综合考虑公司规章制度的合法性、合理性，劳动合同的约定，以及员工的具体过错程度等因素，来判断公司对员工的罚款是否合法。
- 如果公司无法提供充分证据证明其罚款行为的合法性，或者罚款数额明显过高，法院可能会认定公司的罚款行为违法，并判决公司退还罚款或承担其他法律责任。
四、建议与措施
对于公司：
- 制定合法、合理的规章制度，并明确规定员工不得干私活及相应的处罚措施。
- 确保规章制度经过民主程序制定，并向员工公示或告知。
- 在对员工进行罚款时，确保罚款数额合理合法，并保留相关证据。
对于员工：
- 仔细阅读并了解公司的规章制度和劳动合同条款，遵守相关规定。
- 如果认为公司的罚款行为违法或不合理，可以与公司协商解决；协商不成的，可以向劳动监察部门投诉或提起劳动仲裁、诉讼等法律途径维护自己的合法权益。
举例说明：假设某公司规章制度中明确规定员工不得干私活，否则将处以罚款。但该规章制度未经民主程序制定，也未向员工公示。某员工因干私活被公司罚款5万。在此情况下，由于公司规章制度存在合法性瑕疵，员工有权拒绝缴纳罚款，并可以向劳动监察部门投诉或提起劳动仲裁、诉讼等法律途径维护自己的合法权益。
进一步思考：在实际操作中，公司对员工干私活的处罚往往涉及多个方面，包括罚款、警告、解除劳动合同等。因此，在处理此类问题时，公司需综合考虑多种因素，确保处罚措施的合法性和合理性。同时，员工也应增强法律意识，了解自己的权利和义务，避免因违反公司规定而遭受不必要的损失。如有任何疑问或需要进一步的法律帮助，请直接向我咨询。