子女抚养权归属协议是可以进行司法确认的。这一结论基于以下法律背景和实际操作流程：

法律背景

1. 协议合法性：根据《中华人民共和国民法典》的相关规定，父母双方在离婚时，可以就子女抚养权、抚养费及探视权等相关内容作出约定，并签订书面离婚协议。只要该协议是双方真实意思的表示，不违反法律、行政法规的强制性规定，且不损害子女的合法权益，该协议即为有效。

2. 司法确认制度：司法确认是法院对父母双方就子女抚养权问题达成的协议或调解协议是否合法、有效进行审查，并决定是否赋予该协议强制执行效力的制度。这一制度为父母双方提供了便捷、有效的途径来确认抚养权协议的效力。

实际操作流程

1. 协议达成：父母双方在离婚协议中对子女抚养权、抚养费及探视权等相关内容作出约定，或双方自行协商一致签订变更抚养权协议。

2. 申请司法确认：

   • 申请主体：由双方当事人共同向有管辖权的基层人民法院提出申请。
   • 提交材料：需提交司法确认申请书、双方已经达成的子女抚养权相关协议（如离婚协议中的抚养权部分或专门的抚养权变更协议）、身份证明、户口簿、子女的出生证明等能证明案件相关事实的材料。
   • 法院审查：法院会对协议的真实性、合法性以及是否损害子女利益等方面进行全面且细致的审查。审查内容包括确认协议是否为双方真实意思的体现，是否符合法律规定，以及是否有利于子女的健康成长。
   • 作出裁定：如果经审查，协议符合法律规定且不损害国家利益、社会公共利益和他人合法权益，法院会作出司法确认裁定。该裁定具有强制执行力，若一方不按照协议履行义务，另一方可以依据该裁定申请强制执行。若协议存在违法或损害子女利益等情形，法院会裁定驳回申请。

特殊情况说明

1. 协议变更：即使通过协议确定了抚养权，若出现特定情形（如抚养方患严重疾病、不尽抚养义务或有虐待行为等），另一方有权要求变更抚养关系，并通过诉讼程序解决争议。

2. 子女意愿：对于已满八周岁的子女，其真实意愿在抚养权归属问题中会被充分考虑。在协商抚养权问题时，需尊重并考虑孩子的想法和感受。

法律建议

1. 确保协议合法性：在签订子女抚养权归属协议时，务必确保协议内容合法、真实且符合子女的最佳利益。避免协议中存在违法或损害子女利益的条款。

2. 及时申请司法确认：协议达成后，建议双方及时向法院申请司法确认，以确保协议的强制执行力。这有助于在后续履行过程中减少争议和纠纷。

3. 关注子女成长需求：在协商和确定抚养权归属时，应充分考虑子女的身心健康和成长需求。确保抚养权的安排有利于子女的健康成长和全面发展。

如有任何关于子女抚养权归属协议或司法确认的问题，请直接向我咨询。我将根据您的具体情况提供详细的法律指导和帮助。