结论：合同中约定“支付贷款以发包方付款后再付”的条款是否合法，需分情况讨论，具体如下：

1. 若该条款系双方真实意思表示且不违反法律强制性规定，则合法有效
   根据《民法典》第143条，民事法律行为有效的条件包括：行为人具有相应民事行为能力、意思表示真实、不违反法律或公序良俗。若发包方与承包方在合同中明确约定“承包方收到发包方款项后，再向第三方支付贷款”，且双方对条款内容无异议，该约定属于附条件的付款条款，不违反法律强制性规定，合法有效。
   实务提示：此类条款需注意两点：

   • 条件需明确具体（如“发包方支付至合同总价款的80%后，承包方支付贷款”），避免因条件模糊引发争议；
     
   • 若发包方恶意拖延付款导致承包方无法支付贷款，承包方可依据《民法典》第527条主张不安抗辩权，暂停履行付款义务。

2. 若该条款导致合同权利义务失衡，可能被认定为“显失公平”或“流质条款”而无效

   • 显失公平：若发包方与承包方地位悬殊（如发包方为强势企业，承包方为个体经营者），且条款导致双方权利义务严重不对等（如承包方需无条件等待发包方付款，而发包方无对应义务），可能依据《民法典》第151条被撤销。
     
   • 流质条款：若“贷款”实际为借款，且条款约定“发包方未付款时，承包方直接取得发包方财产抵债”，可能违反《民法典》第428条关于流质条款的禁止性规定，被认定无效。
     实务提示：签订合同时需避免“一方绝对受益、另一方绝对受损”的条款设计，必要时可约定“双方按比例同步付款”或“引入第三方担保”平衡风险。

3. 若该条款涉及工程款支付，需符合建设工程领域特别规定
   在建设工程合同中，若“贷款”指工程款，且条款约定“承包方需待发包方收到业主款项后再支付分包方工程款”，需注意：

   • 根据《保障农民工工资支付条例》第30条，分包单位（如农民工工资）不得因发包方未付款为由拖欠工资，否则可能面临行政处罚；
     
   • 若条款导致分包方无法及时获得工程款，分包方可依据《民法典》第807条主张建设工程价款优先受偿权，或依据《保障中小企业款项支付条例》第15条要求发包方支付逾期利息。
     实务提示：建设工程合同中建议明确付款节点（如“发包方收到业主款项后5个工作日内支付承包方”），并约定逾期付款的违约责任（如日万分之五的违约金）。

总结建议：合同中“支付贷款以发包方付款后再付”的条款是否合法，需结合条款具体内容、双方地位、行业特性综合判断。若您遇到此类条款争议，建议提供合同全文及背景事实，以便进一步分析条款效力及风险应对方案。