事业单位工作人员在私企持有股份属于违规行为，需根据具体情况处理，可能涉及行政处分、股份处置及法律责任承担。以下从不同角度展开分析：

一、事业单位人员持股的合规性限制

根据《事业单位工作人员处分暂行规定》第十八条，事业单位工作人员不得“违反国家规定，从事、参与营利性活动或者兼任职务领取报酬”。若事业单位人员通过直接持股、代持、隐名投资等方式在私企持有股份，可能被认定为违规从事营利性活动，面临行政处分风险。

二、违规持股的后果与处理方式

1. 行政处分
   若持股行为被查实，事业单位可依据内部规定或《事业单位工作人员处分暂行规定》给予警告、记过、降低岗位等级、撤职甚至开除等处分。处分力度取决于持股金额、获利情况及是否造成不良影响等因素。

2. 股份处置

   • 主动退出：若持股人意识到违规，可主动转让股份并退出私企经营，同时向单位说明情况，争取从轻处理。
     
   • 被动清退：若被单位或监管部门发现，可能被要求限期转让股份，所得收益可能被没收或上缴。

3. 法律责任

   • 行政责任：若持股行为涉及利益输送、权力寻租等，可能被认定为“违规从事营利活动”，除行政处分外，还可能面临罚款等处罚。
     
   • 刑事责任：若持股行为与贪污、受贿等犯罪行为关联（如利用职务便利为私企谋利并获取股份），可能构成犯罪，需承担刑事责任。

三、特殊情形与例外

1. 经批准的兼职或投资
   若事业单位人员经单位或主管部门批准，在非营利性组织或特定领域（如科研、技术转化）兼职并持股，可能被允许。但需严格遵守审批程序及利益冲突回避规定。

2. 历史遗留问题
   若持股行为发生在相关法规出台前，且未造成不良影响，可能适用“从旧兼从轻”原则，但需主动向单位报备并整改。

四、建议与风险提示

1. 立即自查：若您或您所在单位人员存在违规持股情况，建议尽快梳理持股路径、金额及获利情况，评估风险等级。
   
2. 主动整改：通过转让股份、退出经营等方式消除违规状态，并向单位书面说明情况，争取从轻处理。
   
3. 法律合规审查：若持股行为涉及复杂交易结构（如代持、信托持股），建议委托律师进行合规审查，避免因程序瑕疵导致更严重后果。
   

提示：事业单位人员持股问题涉及行政、刑事双重风险，需谨慎处理。若您有具体案件或细节需进一步分析，可直接向我咨询。