公司扣工资超过底薪是否合法，需分情况讨论：

1. 合法扣减情形：

   • 法定扣减：根据《工资支付暂行规定》第十六条，因劳动者本人原因给用人单位造成经济损失的，用人单位可按照劳动合同的约定要求其赔偿经济损失。经济损失的赔偿，可从劳动者本人的工资中扣除，但每月扣除的部分不得超过劳动者当月工资的20%。若扣除后的剩余工资部分低于当地月最低工资标准，则按最低工资标准支付。例如，若员工底薪为3000元，因工作失误造成公司损失，公司最多可扣除600元（3000元的20%），且扣除后剩余工资不得低于当地最低工资标准。
   • 约定扣减：若劳动合同或公司规章制度中明确规定了合法扣减工资的情形（如迟到、早退、旷工等），且这些规定不违反法律法规的强制性规定，公司可按照约定进行扣减。但同样需注意，扣减后的工资不得低于当地最低工资标准。

2. 非法扣减情形：

   • 无合法依据扣减：若公司扣减工资没有法定或约定的依据，如随意以“绩效不达标”、“公司效益不好”等为由扣减工资，则属于非法扣减。
   • 扣减超过法定限额：即使存在合法扣减的情形，若公司扣减的工资超过了法定限额（如每月扣除超过工资的20%），或扣除后工资低于当地最低工资标准，也属于非法扣减。

法律建议：

• 核实扣减依据：若公司扣减工资，员工应首先核实扣减的依据是否合法、合理，并查看劳动合同或公司规章制度中是否有相关规定。
• 保留证据：员工应保留好工资条、劳动合同、公司规章制度等相关证据，以便在发生争议时维护自己的合法权益。
• 协商与投诉：若认为公司扣减工资不合法，员工可先与公司协商解决；协商无果的，可向当地劳动监察部门投诉或申请劳动仲裁。

可能法律后果：

• 若公司非法扣减工资，员工有权要求公司补发被扣减的工资，并可能获得相应的经济补偿。
• 若公司行为构成违法，还可能面临劳动监察部门的处罚，如罚款、责令改正等。

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