就业协议和三方协议盖章不同，一般情况下不会影响协议的法律效力，但具体还需结合实际情况判断。以下从不同角度为你详细分析：
协议性质与盖章要求
就业协议：通常是劳动者与用人单位之间就建立劳动关系达成的初步意向性协议。它一般要求双方签字或盖章后生效，对于盖章的具体形式（如公章、合同专用章等），法律并未有特别严格的规定，只要能够体现用人单位的真实意思表示即可。
三方协议：即毕业生、用人单位和学校三方签订的就业协议书，是明确三方在毕业生就业工作中的权利和义务的书面表现形式。它同样需要三方签字或盖章后生效。对于学校而言，通常会有专门的就业指导部门或公章用于此类协议的盖章；对于用人单位，则一般使用公章或合同专用章。
盖章不同的影响
同一单位不同印章：如果就业协议和三方协议上盖的是同一用人单位的不同印章（如一方盖的是公章，另一方盖的是合同专用章），且这些印章都是真实有效的，那么一般不会影响协议的法律效力。因为无论是公章还是合同专用章，都能代表用人单位的真实意思表示。
不同单位或虚假印章：如果就业协议和三方协议上盖的印章属于不同单位，或者其中一方使用的是虚假印章，那么情况就完全不同了。这种情况下，协议可能因缺乏真实的意思表示或违反法律法规而无效。例如，如果毕业生与某公司签订了就业协议，但三方协议上却盖了另一家公司的章，且毕业生并不知情，那么这份三方协议就可能因欺诈而无效。
法律建议
核实印章真实性：在签订就业协议和三方协议时，务必核实对方使用的印章是否真实有效。可以通过查询企业信用信息公示系统、要求对方出示印章备案证明等方式进行核实。
明确协议内容：除了盖章外，协议的内容也非常重要。务必确保协议中明确约定了双方的权利和义务、工作内容、工作地点、薪酬待遇等关键条款。
保留证据：在签订协议过程中，保留好所有相关的证据材料，如协议文本、沟通记录、邮件往来等。以便在发生纠纷时能够证明自己的权益。
及时咨询：如果在签订或履行协议过程中遇到任何疑问或问题，建议及时向我咨询。作为专业律师，我可以为你提供具体的法律建议和帮助。