企业用人单位实行十二小时两班倒的工作制度，是否违法需分情况讨论：
若每日工作时间超过八小时，且未安排补休或支付加班费，则违法
- 根据《劳动法》第三十六条，国家实行劳动者每日工作时间不超过八小时、平均每周工作时间不超过四十四小时的工时制度。若企业安排员工每日工作十二小时，且未安排补休或支付加班费，则违反了这一规定。
- 加班费支付标准：根据《劳动法》第四十四条，安排劳动者延长工作时间的，支付不低于工资的百分之一百五十的工资报酬。若企业未支付相应加班费，则构成违法。
若每日工作时间虽超过八小时，但已安排补休或支付加班费，且符合综合计算工时制或不定时工时制条件，则可能合法
- 综合计算工时制：根据《劳动部关于企业实行不定时工作制和综合计算工时工作制的审批办法》，企业因生产特点不能实行标准工时制的，可以实行综合计算工时工作制，即分别以周、月、季、年等为周期，综合计算工作时间，但其平均日工作时间和平均周工作时间应与法定标准工作时间基本相同。若企业实行综合计算工时制，且在一个综合计算周期内，员工总工作时间未超过法定标准，则每日工作十二小时可能合法。但需注意，实行综合计算工时制需经劳动行政部门批准。
- 不定时工时制：同样根据上述审批办法，企业中的高级管理人员、外勤人员、推销人员等因工作性质特殊，需机动作业的职工，可以实行不定时工作制。若员工属于此类岗位，且企业已依法申请并获得不定时工时制的批准，则每日工作十二小时可能不构成违法。但需注意，不定时工时制下，员工同样享有休息休假的权利，企业应保障员工的合法权益。
法律建议：
- 对于员工而言，若发现企业存在违法安排加班的情况，可先与企业协商，要求安排补休或支付加班费。若协商无果，可向当地劳动监察部门投诉或申请劳动仲裁，维护自己的合法权益。
- 对于企业而言，应严格遵守国家关于工作时间和加班的规定，合理安排员工的工作和休息时间。若因生产需要必须安排加班，应依法支付加班费或安排补休，并确保员工的身心健康和合法权益不受侵害。
可能后果：
- 若企业违法安排加班且未支付加班费或安排补休，可能面临劳动监察部门的处罚，包括罚款、责令改正等。同时，员工也有权要求企业支付加班费、经济补偿等，并可能因此引发劳动争议或诉讼。
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