违法占地建寺庙的处罚需根据具体违法情形，结合土地管理、城乡规划、宗教事务等多部法律法规综合判定，主要涉及行政处罚、民事赔偿及刑事责任三个层面。具体分析如下：

一、行政处罚：核心依据为《土地管理法》《城乡规划法》

1. 土地管理违法处罚
   根据《土地管理法》第七十七条、第七十八条，若寺庙建设涉及非法占用农用地（尤其是耕地），可能面临：

   • 责令退还土地：限期拆除在非法占用土地上新建的建筑物，恢复土地原状；
     
   • 罚款：按非法占用土地面积处以每平方米100元至1000元罚款（具体标准由省级政府制定）；
     
   • 耕地保护特别规定：若占用永久基本农田，处罚力度可能加倍，且需承担耕地开垦费等补偿责任。

2. 城乡规划违法处罚
   若寺庙建设未取得《建设工程规划许可证》或违反规划要求（《城乡规划法》第六十四条），可能面临：

   • 限期改正：补办手续或调整规划；
     
   • 罚款：按工程造价的5%-10%处罚；
     
   • 强制拆除：无法采取改正措施消除影响的，限期拆除。

3. 宗教事务管理处罚
   根据《宗教事务条例》第七十二条，若寺庙建设未履行审批手续（如未向宗教事务部门申请设立许可），可能被责令停止活动、限期整改，甚至没收违法所得。

二、民事赔偿：涉及土地权利人权益

若违法占地行为损害他人土地使用权（如承包地、宅基地），根据《民法典》第二百三十八条，权利人可要求：

• 停止侵害：拆除违法建筑；
  
• 恢复原状：复垦土地；
  
• 赔偿损失：包括土地收益损失、复垦费用等。

三、刑事责任：可能触犯非法占用农用地罪

根据《刑法》第三百四十二条，若违法占地行为导致5亩以上基本农田或10亩以上其他耕地被破坏，可能构成非法占用农用地罪，处五年以下有期徒刑或拘役，并处或单处罚金。
关键点：需以“数量较大”且“造成耕地等农用地严重毁坏”为构成要件，司法实践中通常结合土地性质、破坏程度综合认定。

四、特殊情形：历史遗留问题与合法化路径

若寺庙建设始于《土地管理法》实施前（1987年1月1日前），可能适用“历史遗留问题”处理规则，需结合地方政策补办手续；若符合宗教活动场所设立条件，可依法申请补办宗教事务审批及土地、规划手续，实现合法化。

建议：若涉及违法占地建寺庙，需立即停止建设行为，委托律师评估土地性质、审批手续完整性及违法情节严重程度，制定整改方案（如补办手续、拆除复垦）或应对行政处罚、民事诉讼的策略。如有进一步疑问，可直接向我咨询具体法律问题。