针对您提出的“违法拆除坟地建筑怎么处罚”的问题，这实际上涉及到了违法占地建筑的拆除处罚流程，但具体到坟地建筑，其核心仍在于判断该建筑是否属于违法占地或违反规划建设。以下是我为您详细梳理的解答：
一、责任主体与职责划分
自然资源主管部门：
- 如果坟地建筑是未经批准或采取欺骗手段骗取批准，非法占用土地建造的，那么由县级以上人民政府自然资源主管部门负责查处。
- 自然资源主管部门会责令退还非法占用的土地，并视情况限期拆除在非法占用的土地上新建的建筑物（包括坟地建筑）和其他设施，恢复土地原状。若符合土地利用总体规划，则可能没收建筑物并处以罚款。
农业农村主管部门（针对农村特定情况）：
- 在农村地区，如果坟地建筑是农民未经批准或采取欺骗手段获取批准、非法占用土地建造的，农业农村主管部门有权查处，并责令退还非法占用的土地，限期拆除违法建筑。
乡镇人民政府（针对乡村规划区）：
- 在乡、村庄规划区内，如果坟地建筑未依法取得乡村建设规划许可证或未按许可进行建设，乡镇人民政府负责查处，并可责令停止建设、限期改正；逾期不改正的，可以拆除。
二、拆除处罚的程序与执行
立案调查：
- 相关部门在发现违法坟地建筑后，会进行立案调查，收集证据，确定违法事实。这包括现场勘查、询问当事人、查阅相关规划文件等。
作出处罚决定：
- 根据调查结果，相关部门会依法作出处罚决定。对于违法坟地建筑，处罚决定可能包括责令退还非法占用的土地、限期拆除违法建筑等。
执行处罚决定：
- 如果当事人自行拆除违法坟地建筑，则无需强制执行。
- 如果当事人拒不拆除，相关部门可以采取强制措施进行拆除。这通常包括申请人民法院强制执行，由法院组织力量进行拆除，或者由相关部门在获得法律授权后直接进行拆除。
三、特殊情况与注意事项
- 文化保护与宗教信仰：在处理违法坟地建筑时，还需考虑文化保护和宗教信仰的因素。如果坟地建筑具有历史、文化或宗教价值，相关部门在作出处罚决定前应进行充分评估，并可能采取更为谨慎的处理方式。
- 补偿与安置：在拆除违法坟地建筑时，如果涉及当事人的合法权益受损，相关部门应依法给予补偿和安置。这包括提供新的墓地、支付迁移费用等。
四、法律依据
- 主要依据《中华人民共和国土地管理法》、《中华人民共和国城乡规划法》等相关法律法规。这些法律法规明确规定了违法占地建筑的拆除处罚程序和责任主体。
五、案例说明（假设性）
- 假设某地区发现一处违法建造的坟地建筑，该建筑未经批准擅自占用了耕地。自然资源主管部门在发现后，依法进行了立案调查，并作出了责令退还非法占用的土地、限期拆除违法建筑的处罚决定。由于当事人拒不拆除，自然资源主管部门申请了人民法院强制执行，最终由法院组织力量进行了拆除。
综上所述，违法拆除坟地建筑的处罚涉及多个部门和法律程序，具体处罚方式取决于违法事实的性质、情节以及相关法律法规的规定。在处理此类问题时，相关部门应依法行事，确保处罚的公正性和合法性。