结论：车辆在高速公路发生故障停车3分钟，若故障解除且未违反相关规定，则不算违停；但若未按规定操作，即使停车时间短暂，也可能构成违停。

分析说明：

1. 一般情况下的规定：

   • 根据《中华人民共和国道路交通安全法》及其实施条例，机动车在高速公路上行驶时，非紧急情况下不得在车道内停车。这是为了维护高速公路的通行安全和秩序，防止因随意停车而引发的交通事故。

2. 特殊情况下的合法性考量：

   • 当车辆在高速公路上发生故障或交通事故，导致车辆无法移动时，停车行为可能具有合理性。但此时，驾驶人必须严格遵守一系列安全规定，包括立即开启危险报警闪光灯、在故障车来车方向一百五十米以外设置警告标志、将车上人员迅速转移到右侧路肩上或者应急车道内，以及及时报警求助等。
   • 若驾驶人按照上述规定操作，并确保了自身和他人的安全，那么这种因故障或交通事故导致的停车行为，在法律上可能被认定为合理，不被视为违法停车。

3. 针对您问题的具体分析：

   • 在您的情况下，车辆在高速公路上发生故障并停车3分钟，若故障迅速解除，且您在此期间或故障解除后立即按照上述规定采取了必要的安全措施（如开启危险报警闪光灯、设置警告标志等），并尽快将车辆移至安全地带或继续行驶，那么这种停车行为通常不会被认定为违法停车。
   • 然而，如果您在停车期间或故障解除后未按规定操作，如未开启危险报警闪光灯、未设置警告标志、人员未转移到安全地带等，或者停车时间过长且未采取任何安全措施，那么即使停车时间只有3分钟，也可能构成违法停车。

法律后果与建议：

• 对于违法停车的行为，公安机关交通管理部门将依据相关规定对当事人进行处罚，包括罚款、记分等。因此，驾驶人在高速公路上行驶时，应时刻保持警惕，如遇车辆故障或交通事故，应迅速采取安全措施并确保自身和他人的安全。
• 我建议您在高速公路上行驶时，务必遵守交通法规，确保行车安全。如遇车辆故障或交通事故，请立即按照上述规定操作，并及时报警求助。若您对具体操作或法律规定有任何疑问，可直接向我咨询，我将为您提供专业的法律解答。