在高速应急车道停车，即使只停了三分钟，也可能会被处罚。根据相关规定，机动车驾驶人驾驶机动车在高速公路或城市快速路上违法占用应急车道行驶的，将被一次扣6分，并处以警告或二十元以上二百元以下的罚款。

应急车道是专为紧急情况设计的，如车辆发生故障无法继续行驶，或驾驶员、乘客突发疾病等。在这些情况下，车辆可以合法地使用应急车道停车，并应尽快开启危险报警闪光灯，按规定设置警告标志，以提醒其他车辆注意。然而，如果驾驶员没有充足的理由证明是在紧急情况下进入应急车道停车，那么无论停车时间长短，都可能面临处罚。

因此，建议驾驶员在高速公路上行驶时，严格遵守交通规则，不要随意占用应急车道。如遇紧急情况需要停车，应确保符合相关规定，并及时采取必要的安全措施，以减少潜在的风险和处罚。