在门市租赁合同纠纷中，您确实有权请求判决被告涤除房屋的工商登记，但这一请求能否得到法院支持，需视具体情况而定。以下是我从不同角度为您进行的分析：
一、法律背景与依据
合同相对性原则：
- 租赁合同是出租人与承租人之间设立、变更、终止租赁关系的协议。根据合同相对性原则，合同的权利义务原则上仅约束合同双方当事人。
- 若租赁合同中明确约定了承租人需负责涤除房屋工商登记的义务，或约定了因承租人原因导致工商登记未涤除的违约责任，则您作为出租人，有权依据合同约定要求承租人履行涤除义务或承担违约责任。
物权保护原则：
- 房屋作为您的财产，您享有对其的占有、使用、收益和处分的权利。若承租人未经您同意，擅自将房屋作为工商注册地址，且未在租赁期满或合同解除后涤除该登记，可能构成对您物权的侵害。
- 在此情况下，您有权依据《民法典》中关于物权保护的规定，要求承租人停止侵害、排除妨碍，即涤除房屋的工商登记。
二、实际操作与建议
审查租赁合同：
- 首先，您应仔细审查租赁合同，查看其中是否有关涤除工商登记的明确约定。若有，则您可直接依据合同约定向法院提起诉讼，要求承租人履行涤除义务。
收集证据：
- 若租赁合同中未明确约定涤除工商登记的义务，您需收集其他证据证明承租人的行为已构成对您物权的侵害。例如，您可以收集房屋产权证、租赁合同、工商登记信息等证据，证明房屋为您所有，且承租人未经您同意将房屋作为工商注册地址。
提起诉讼：
- 在收集到充分证据后，您可向法院提起诉讼，要求承租人涤除房屋的工商登记，并可能要求承租人承担因未涤除登记而给您造成的损失（如租金损失、房屋贬值损失等）。
考虑其他救济途径：
- 除了诉讼外，您还可以考虑与承租人进行协商，寻求和解或调解的方式解决纠纷。这可能更为高效、经济，且有助于维护双方的关系。
三、可能遇到的法律后果
法院支持您的请求：
- 若法院认定承租人的行为已构成违约或侵权，且您提出的涤除工商登记的请求合理合法，则法院可能会支持您的请求，判决承租人涤除房屋的工商登记。
法院未支持您的请求：
- 若法院认为您提出的请求缺乏法律依据或证据不足，则可能不会支持您的请求。在此情况下，您可能需要进一步收集证据或考虑其他救济途径。
总结与建议：在门市租赁合同纠纷中，您有权请求判决被告涤除房屋的工商登记。但为确保请求得到法院支持，您应仔细审查租赁合同、收集充分证据，并在必要时寻求专业法律帮助。如果您在此过程中遇到任何问题或需要进一步的法律建议，请随时向我咨询。